Nature惊爆:翻越进化藩篱,人类突破自然法则 《自然》资深专栏作者称其为“外星DNA”

 

这就好像一个孩子跑进了糖果店,过去的20年里,这个孩子一直为进入糖果店而痴迷。突然之间,他能考虑想要什么样的糖果了。...





40亿年来,生命从来没有突破这一法则:地球上的所有碳基生命,都是由ATCG这四个碱基编码控制的。这是被写好的规则,没人能创造新的语言。

而现在,有人成功挑战了“上帝”的权威。而这,只是开始。

创造出了自然界中不存在的全新生命体
弗洛伊德·罗慕斯伯格(Floyd Romesberg)教授是加州Scripps研究所的一名化学家。最近,从他的实验室中诞生了一类能产生绿色荧光的大肠杆菌。它们的基因组里有着全新的碱基,蛋白质中存在全新的氨基酸。与这地球上几十亿年来出现的所有生命从根源上有着截然不同。
▲这类冒着绿色荧光的细菌有着“外星DNA”(图片来源:William B. Kiosses / 《自然》)


《自然》的资深专栏作者Ewen Callaway先生称,这是一种“外星DNA”。哈佛大学的George Church教授则表示,这是“合成生物学的里程碑”

也难怪人们对此会做出这样的反应。我们从高中课本上知道,DNA里有四种字母,它们分别是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、以及鸟嘌呤(G)。它们不但协助组成了DNA的双螺旋结构,还以三个字母为一组的方式,编码了20种氨基酸的密码子。这20种氨基酸则构成了生物体内蛋白质的基础这是地球上所有生命的共通,小到细菌,大到人类,都遵循同样的一套基本法则。

然而,好奇的人类很难不去这么考虑:如果我们能在DNA中引入更多不同的碱基,就能产生更多的密码子选择,从而将更多不同性质的氨基酸整合进蛋白质里,改变蛋白质的生物特性。我们不知道这对人类意味着什么,但它是一片广阔的新天地。比如,
或者,
1989年,苏黎世联邦理工学院的史蒂文·伯纳(Steven Benner)教授在创造新碱基这一方面取得了突破。他的团队对胞嘧啶和鸟嘌呤的结构进行了微调,造出了两种“有趣”的DNA字母。在试管中,带有这两种“新字母”的DNA能正确复制,并和普通DNA一样,产生RNA及蛋白质。
▲本研究的主要负责人罗慕斯伯格教授(图片来源:K.C. Alfred / 《The San Diego Union-Tribune》)


罗慕斯伯格教授的团队在过去的20多年里则一直专注于带来“更有趣”的DNA字母。在普通的DNA中,配对的碱基之间通过氢键相连(伯纳教授的“新字母”也属于这一范畴),而罗慕斯伯格教授团队做出的“新字母”,依靠的则是疏水性。2014年,该团队在《自然》杂志上发文,将dNaM和d5SICS这两种人造核苷酸植入了大肠杆菌的基因组。但这些异样的DNA严重阻碍了细胞的生长,细菌也会在世代交替中,倾向于去除这些异常的DNA。

今年早些时候,还是这个团队,他们又在《PNAS》上发文,改进了这套体系。研究人员们用dTPT3替换了d5SICS,使细菌不那么容易对新的DNA字母产生排斥。但这些细菌与2014年的细菌一样,无法利用这些新字母来指导蛋白质合成。
▲全新的tRNA是本研究的关键(图片来源:《自然》)


而在昨天发表在《自然》杂志上的一项最新研究里,科学家们终于突破了最后的瓶颈。他们创造了一种改良过的tRNA,能识别新的DNA字母,并将两种全新的氨基酸PrK和pAzF运输到核糖体中。在那里,这两种“不自然”的氨基酸被整合进了绿色荧光蛋白中。后者的结构和功能并没有出现改变。一经激活,它能在细菌体内发出幽幽的绿光。

这是人类首次证明,活体细胞能利用自然界中不存在的碱基来合成蛋白质。
新的突破,带来无限的可能


这一下子打开了新世界的大门。原本自然界中存在的四种碱基能形成4的3次方,也就是64种密码子。它们定义了20种氨基酸。而罗慕斯伯格教授团队则将能使用的碱基数一下子增加了50%,六种碱基能编码216种密码子,对应高达172种不同的氨基酸

这代表了无限的可能。
▲这项研究代表了合成生物学的无限可能(图片来源:《自然》)


“这就好像一个孩子跑进了糖果店,” 罗慕斯伯格教授说道:“过去的20年里,这个孩子一直为进入糖果店而痴迷。突然之间,他能考虑想要什么样的糖果了。”(转载自 学术经纬)
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