ESPript：美得令人心动的序列显示工具

一起来感受一下~...



今天给大家推荐一款免费的在线工具，主要用于比对序列的显示。网址是http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi（Nucleic Acids Res，2014）。简洁的界面，完全采用对称式的设计。甚至为了对称，“SUBMIT”按钮不合逻辑的出现在页面的顶端。



用ESPript做的图是多种多样的，例如可以是下面这样的，接下来就介绍怎么做出这样的图吧。



1. 序列文件准备

需要两个文件：序列对位文件和二级结构文件，如下图。



将序列进行比对，比对后的文件导出为”.aln”格式的文件。这里使用的序列比对工具为ClustalX，默认的输出文件即为aln格式。另一个为蛋白的二级结构文件，为pdb格式。pdb格式文件可以通过对目标蛋白进行3D结构的预测获得。对于pdb格式文件的查看显示，参见《如何用PyMOL生成蛋白三维结构图？》。

2. 上传序列文件

点“浏览“上传序列，如下图。



序列相似性描述显示参数这里选默认，Display consensus seq后打勾。



着色方案这里选小编最爱的“Flashy“，图片为A4大小，竖幅，每行显示字母数等默认即可。



最终，输出的图片格式按需要打勾即可，接下来点硕大的“SUBMIT“按钮提交即可。



3. 结果图片下载



点击文件链接，下载图片，可对感兴趣的区域进行截取用于文章的发表或PPT展示。下图是从我的结果中截取的部分序列：



注意：

下面是小编被折磨的死去活来的“坑“，希望大家跳过去。

• 踩过的坑1：使用ClustalX时，文件名、文件路径中不能出现中文！
• 踩过的坑2：若提交后出错，注意看浏览器是否阻止弹窗，因为结果是在新窗口显示的。以Microsoft Edge为例，在浏览器“设置“中关掉阻止弹窗的方法见下图。

总之，ESPript是一款非常简单易用工具，大家要记得分享到朋友圈哦
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