芯片数据分析之热图（Heat Map）

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芯片数据分析之热图（Heat Map），这对于大伙来说可能都不陌生了，不少小伙伴也肯定已经在操练。昨天广州的小伙伴Humerus就问翠花，热图（heat map）怎么看啊？今天就来解答这个问题，顺便给大家说说怎么作热图。（顺便吆喝一下~~大家在研究路上，遇到什么问题，欢迎留言，解螺旋将竭力为您解答）

所谓的热图，是直观展现基因表达变化的一种图，是数据的一种二维呈现，其中的数值都用颜色表示，让繁杂的数据一目了然（分析过芯片数据的伙伴必然深有同感）。

热图的其实很简单，只要知道以下几点，轻松读懂：

　1）每一行代表一个基因，每一列代表一个样本。

　　2）顶上会有树状结构，表示样本之间的相似度聚落关系。

　　3）一般在左边或者右边会有基因名称或编号，而另一边则是树状结构，代表基因之间的相似度聚落关系。

　　4）底下一般会标记样本名称或者编号。

　　5）每一个格子的颜色代表基因表达水平。一般绿色是低表达，红色是高表达。

那这个图是怎么做出来的呢？你需要以下工具（回复SW可获得）：Java运行环境

以基因芯片数据为例。打开MeV后，点击File→Load Data。在弹出窗口点击Browse按钮，选择差异分析数据文件（这里需要注意，数据文件中第一列，是基因名称或符号，第2列开始每一列是一个样品的数据），打开。在弹出的窗口下方，可以预览到数据。鼠标选择第一个数据（如下图红色箭头），然后点击最下方的load按钮。这时候已经出来热图的样子了，但是还是需要一些处理。首先要对数据进行中位化：点击顶部菜单Adjust Data　→　Gene/Row Adjustments　→　Median Center Genes/Rows。点击之后不会出现任何变化，只是后台数据已经进行了运算处理，切勿重复点击。点击顶部菜单Analysis→Clustering→HCL，在跳出的窗口中选择Euclidean Distance以及Complete linkage clustering。从左边工具栏中选择HCL Tree，然后点击顶部工具栏Display→Set color Scale Limits，在弹出窗口中输入颜色的阈值，一般设置成-n，0，n。Display的其他子菜单可以设置热图的其他格式，如字体、各自大小等等，这个大家可以自己试试。这时热图基本就完成了。分别在下图红色方框的地方右击鼠标，选择Gene Tree properities或Sample Tree properities，在弹出窗口去掉show node height scale，去掉红框内的标示。大功告成。可以点击顶部菜单栏File→Save Image，建议储存为tiff格式。此外，进行聚类分析之后，基因的排列顺序会与原数据数据列表中不一样，这个顺序也是可以保存的。在热图区的任一位置右击鼠标，选择Save Gene Order即可。

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