lncRNA为何再次成为主流期刊的热点?

 

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作者:子非鱼

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2014年能编码短肽的lncRNA就已经崭露头角了,通过对脊椎动物中数百个已注释的lncRNA进行基因表达分析发现,绝大多数lncRNA至少含有一个short ORF (≥ 24amino acids)以及多个ORFs(平均43到68 amino acids)。翻译组学数据结果,所有物种> 90%的codRNA与核糖体结合;多数lncRNA能够与核糖体结合(占总lncRNA 28.6%到81.9%)


但近三年内这些小肽和sORF仍被我们华丽丽的忽视了。究其原因,是因为大多数ORF发现算法将大小临界值设为300nt(翻译100个氨基酸残基),并以此过滤掉“垃圾信息”(随机存在RNA中没有意义的ORF)。

如今,一些主流期刊如Science、Cell、Molecular Cell等均争相报道此类相关现象。lncRNA对小肽的编码正成为“非编码”RNA研究的新热点。
这要提到2015年Cell一篇题为“A Micropeptide Encoded by a Putative Long Noncoding RNA Regulates Muscle Performance”的文章,先通过生物信息学的方法筛选出骨骼肌特异性编码多肽Myoregulin(MLN)的lncRNA,其次挖掘出MLN与已知功能的短肽PLN、SLN是具有序列上的保守性和相似性,并推测出MLN应也具有相似的功能。

而体外实验研究确也证明了,短肽MLN可形成单个跨膜α螺旋,与内质网膜(SR)中的 SERCA受体相互作用,抑制对钙离子再摄取。当小鼠缺失MLN基因后,增强了钙离子在骨骼肌中的处置能力并提高运动能力。种种实验结果确定了MLN是骨骼肌生理的一个重要调节因子,也证实了细胞中很多功能性微肽确是隐藏在表面上非编码的RNA中。

显然,Cell这篇文章确实为我们研究lncRNA编码功能性微肽,提供了一个不错的模板。如何找到编码短肽MLN的lncRNA,如何确定MLN的功能,需要进行哪些实验进行佐证等等,文章中都有着细致的讲解。

但小编知道,模(tao)板(lu)这东西虽好,却是颇费脑子的。不少童鞋看完文献后依然是提笔四顾心茫然,不知身向何处行。即便手捧具有编码功能性微肽的lncRNA,却依然寻不到挖掘宝藏的大门所在,很容易就会与高分文章失之交臂,细思下来岂不是很可惜。

好在解螺旋的顶梁柱帅老谈会对文章进行全方位360度无死角的详细剖析,指亮点、解疑惑、套规律,可快速吹散小伙伴们眼前的迷雾,帮助大家在lncRNA编码领域里早日拔得头筹。

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