你不知道的实验技巧篇:分子生物学实验小技巧集锦(一)

 

平时实验没有做成功,不一定是设计方案有问题,而往往是由于操作上面的不认真,或是一些小小的细节没有注意到。以下...

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平时实验没有做成功,不一定是设计方案有问题,而往往是由于操作上面的不认真,或是一些小小的细节没有注意到。以下是集各路朋友的一些经验,与大家分享(注意:实验需要靠自己摸索,下面的经验如果对你有启发的,切记先小试验证):

1. 提取质粒的时候,最后一步的酒精挥发很关键,基本上是其后续的酶切反应的决定性因素。所以这一步尽量挥发长一点时间,最好是空调吹热风,或是37度温箱放长一点的时间,我试过室温过夜,酶切很好。

2. 有关缓冲液和培养基配置
1)将缓冲液配方中的成分分别以10-100倍配成母液储存,需要的时候只需将相应的母液混合,补加水稀释即可
2)配培养基时通常会忘记各成分的量,如配LB时的三个成分不记得到底哪个是5g,哪个要10个,因此可以在常用的试剂瓶的标签上注明所需的量,如配LB时,在NaCl瓶外注明10g/L,yeast 5 g/L, tryton 10 g/L等,很方便,不需要每次配之前临时翻书。

3. 有关PCR主反应液配置:
在做克隆鉴定的时候经常需要在酶切鉴定前进行PCR鉴定,每次配置PCR反应液很繁琐,可以将其配置类似kit的形式,按你需要的反应体系列表,然后放大100倍配置100×主反应液(100次反应),其中含buffer,Mg2+,dNTPs,但不含引物和Taq酶,然后可以10×分装或一管储存在-20度,在需要的时候拿出融开,然后按所需的PCR反应个数吸取相应的倍数,再补加相应反应倍数的Taq和引物,混匀后分装,这样做的好处如下:
1)可极大的节省宝贵的时间,可早点收工,看球
2)避免每次反应加样不均的可能
3)大大减少PCR假阳性的产生

4. 有关酶切反应液的配置:
在做酶切时,也可以像PCR一样配置主反应液,每次反应前先列好反应的体系,算好需要的反应数,然后按所需反应的体系按所需反应数放大,加入buffer、酶、水;质粒栏空缺,然后混合后按除质粒DNA的体积分装,然后再在每管中加入相应体积的质粒DNA酶切,这样做的好处如下,特别是当同时有10几个阳性克隆需要鉴定时尤为明显:
1)各反应成分均一
2)可大大减少限制型内切酶的使用
3)节省时间

5. 做大肠表达时确定蛋白是否表达一般要煮样做诱前诱后检测,但很多时候煮出来的很黏影响跑胶效果.我发现如果先用8MUrea重悬细菌再煮效果会有极大改善.
注:不能用Gu-HCl代替

6. 超滤最合适用于蛋白的浓缩,更换缓冲液和除盐,对于按照分子量进行初分离的效果不是很好,理论和现实是有很大差别的^_^

7. 我们有时要沉淀东西时,由于沉淀量很少,离心完之后不知道到底有没沉淀下来东西,所以离心时建议按特定的方向放置离心管(比如EP管盖放同一方向),这样你就可以在离心之前确定沉淀的大致部位。另外看沉淀时可以对光看,这样就是颗粒状的细小沉淀也能看见的。

8. 大家都知道PMSF有剧毒,以前都是知道浓度和要配的体积的基础上,算出要称多少毫克的PMSF,其实也可以先称PMSF,称多少算多少,再调整异丙醇的体积,到达你所要的浓度。这样就避免了你长时间和它接触。(就是说让你改变溶剂体积,配合质量,使最终浓度不变)

9. 在用酶标板加样的时候,蛋白样品常常会产生很多气泡,如果做荧光实验,由于灵敏度非常高,一点点微小的气泡都会影响很大,常常又不可能加消泡剂,我就用卫生纸,撕下来一小条,搓成小针,碰一碰气泡就破了,很好使。(管家哥提示也可以准备一个小针头,打火机稍微加热,碰一下气泡即破,一般一次加热可以搓好几个。如果体系可以离心,就瞬间离心下最好)

10. 酶切或者PCR体系混合好以后,大家都会用手指轻弹EP管的底部来混匀溶液,常常出现很多气泡。这时候轻弹液面上方的管壁,消除气泡就轻而易举了。千万别弹液面下方的,气泡会越来越多。

11. 磁珠回收时,不要贪多,收集上层即可,太过影响DNA的纯度和质量,对链接、转化有影响。

12. 各种buffer都要完全融化后才能用,而且不管什么药品,如果只剩下最后一点底子了,最好放弃,因为可能会影响你的实验。

13. 动手前,一定要思路清晰,尽量把要做的事情列出来。

14. 做前一定要在笔记上写上1、2、3.....,在按照笔记一步一步做,否则容易出错。(管家哥想说这点师弟师妹应该做的很好的吧,哈哈)

15. 要加的酶阿,dNTP,水啊之类的能分装的话最好分装好一点,万一污染的话就全完了。(管家哥提醒这点非常重要)

16. 制备好了一批感受态,最好马上转化一种已知质粒,与此同时,取一点感受态接种到含抗性的固/液体培养基培养来做对照。这样第二天即可以知道这批感受态是否还有外源质粒,又可以知道这批感受态转化效率的高低。如果合格,那以后就可以放心使用!

17. 做克隆挑斑时,我们可以在将沾有菌体的牙签丢到试管前,在一块相应抗性的平板上点一下,标注清楚,培养时间稍长一点,待长成较大菌落后收取。以后需要哪一个菌,就在平板上挑取。这样既方便快捷,又可以保证菌的一致。

18. 抽提质粒时,加入SloutionII和III后要求轻柔混匀。我个人觉得不用这样,只要不是非常剧烈,可以快速混匀。尤其可以运用在一次抽提多管质粒的时候,这样可以快速,而且效果一点也不差。

19. 抽提质粒时,用无水乙醇沉淀的时间可以由实验操作者来决定,如果时间充裕可以30min,否则8-10min也可以。至于温度,个人觉得-20度好于常温。如果加入可醋酸钠,会较容易形成盐类杂质,所以时间短一些更好!

20. 不知道大家都是怎么做酶切的,我的体会是,酶切质粒时,两个酶分别单酶切比直接双酶切效果要好很多(管家哥提醒这个要视不同体系而定)。我有一次双酶切两次都没连出来,后来分步单酶切,连接效率几乎100%。
可以第一个酶切完后直接把体系热失活,(根据酶说明书上一般是65度20min)然后直接向里面补第二个酶
或者第一个切完后用氯仿抽提,把蛋白提出
或者中间做一次回收,这个就要考虑回收效率和损失的问题了,但是这样除蛋白最彻底

21. 任何试剂反复冻融对其效率都有很大地影响。所以买来的试剂第一次使用时要注意按每次实验用量分装保存。提取的模板或纯化的样品也最好分装保存,以备不测。


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