蛋白质组学的高质量灌水，10分文章也只要做四步
用酸菜的文献泛读法解析蛋白质组学高分论文。...
上一次说了蛋白质组学top-down的技术路线(从蛋白质层面进行分离)，点击这里查看。今天盛师傅继续带来top-down的两篇文章，均选自各所在领域的顶级期刊。看一下顶级期刊的蛋白质组学文章怎么写。（在公众号下回复180129可下载）
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首先第一篇文章Proteomic analysis of synovial fluid from the osteoarthritic knee: comparison with transcriptome analyses of joint tissues，来自Arthritis Rheum，影响因子6.918,风湿类顶级期刊。还记得酸菜说的文献速读法么？直接速读摘要和图表来看看整篇文章做了什么东西。
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Methods里的第一句就是：Age-matched knee SF samples from 10 control subjects, 10 patients with early-stage OA, and 10 patients with late-stage OA were compared using 2-dimensional difference-in-gel electrophoresis and mass spectrometry (MS).临床样本分组，用二维电泳(2D-DIGE)和质谱(MS)对SF中的蛋白质进行分离、鉴定和定量。
总共找出了66个显著差异表达的蛋白。为了找出early OA 和late OA蛋白表达的特征，作者做了聚类热图。发现大部分蛋白的表达一致，结果就是如Figure1所示。
接下来做什么呢？看第二句：MS with a multiplexed peptide selected reaction monitoring assay was used to confirm differential expression of a subset of proteins in an independent OA patient cohort.
用SRM(选择反应监测)对挑选出的差异蛋白用独立的样本进行验证，也就是Figure.2的结果。这里SRM是靶向蛋白质组学的一种方法，将会在以后专门介绍靶向蛋白质组学(MRM/RPM)和基于DIA的定量蛋白质组学。
将挑选出来的差异蛋白进行IPA通路分析，最后把蛋白质组学和转录组学结合起来分析，但可能因为经费的问题，用了公共数据库。将得到的差异表达蛋白与已发表公共数据库中(GEO)的mRNA表达谱进行对比，重点关注RNA和蛋白表达的相关性，得到一系列表达趋势一致的蛋白。
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这篇还算容易，而且摘要是结构式的也好找。我们再来看难一点的第二篇文章Changes in regulation of human monocyte proteins in response to IgG from patients with antiphospholipid syndrome，来自Blood，影响因子11+的血液学标杆。同样的速读摘要和图要来看看整篇文章的大概思路和技术路线。
这个不是结构式摘要，所以要一句句看了，还好本文摘要简单明了。第一句是研究背景，第二句开始就是研究方法了。
We carried out a comprehensive proteomic analysis of human monocytes treated with IgG from patients with different manifestations of the APS. Using 2-dimensional differential gel electro-phoresis (2D DiGE).
首先用二维电泳对用APS IgG的处理组和用HC IgG的对照组进行top-down差异蛋白质定量分析，得到了一系列蛋白，选出那些改变最大，差异最显著的蛋白质点进行质谱鉴定，结果如下图（Table2）。
简单的阐述下结果后，接下来作者从不同的方面来验证这些差异蛋白。
These findings were confirmed by comparing monocytes isolated from APS patients and HC.
之前进行2DE实验，细胞是用混合的IgG来进行处理的（不混合的用2DE做的话会累死）。于是作者用每个患者单独提取的IgG来对单核细胞进行处理，从mRNA和蛋白质层面进行验证。
然后作者检测每位患者体内的单核细胞经过LPS刺激后这几种差异蛋白的mRNA表达情况和 Anti-VIM antibodies的表达情况。
再简单的介绍下结果，最后作者用buttom-up（从多肽层面进行分离）中的label-free技术进行定量并用qPCR进行了验证。
We further characterized the proteome of thrombotic APS IgG-treated monocytes using a label-free proteomics technique.
整篇文章就是用了二种技术（top-down和buttom-up)进行了蛋白质组学研究，并挑选出差异最显著的蛋白并进行了不同层面的验证。作者在讨论中解释了为什么要用二种技术来进行。
Not all proteins, however, are amenable to 2D DiGE particularly hydrophobic membrane proteins. Therefore, to ensure that we had fully characterized the proteome,we studied tryptic digests of IgG-treated monocyte proteins using LC-MS/MS label-free quantitation on a Q-TOF mass spectrometer.
看起来好像有点道理，其实盛师傅认为作者不如用只用label-free来进行，但为了符合顶级期刊的身份，需要做的更深入(需要效果更好的预分级）。
随着nanoLC的不断发展和高分辨率质谱的不断成熟（比如两款非常经典的质谱tripletof5600和q-orbitarp出现），buttom-up不管定量或定性效果比top-down好的多。另外，2DE做起来实在太麻烦。在下一期中，盛师傅将介绍性价比最高的buttom-up套路。
套路讲解
两篇文章讲完了，思路都是非常简单，就4步：
1.临床样本分组；
2.分离、鉴定和定量 (第一篇2DE,第二篇2DE+label-free)；
3.差异蛋白进行生信分析 (第一篇IPA通路分析和与转录组对比)；
4.验证 (第一篇SRM，第二篇qPCR+WB)。
是不是有一种我好像也能发顶级期刊的样子，那还等什么，赶快行动起来！
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