OmicShare再添新工具 高级三维PCA图

二维和三维PCA图任君选择！...



敲锣打鼓、奔走相告，自上次推出新工具高级散点图后，OmicShare Tools云工具平台又推出新工具啦！这次推出的新工具是高级三维PCA图。

关于PCA图的介绍和用途，我们之前也分享过一篇文章（戳这里查看~）。PCA分析应用十分广泛，在重测序、RNA-seq、16S测序等多个地方都会用到，可用于检测样本重复性的好坏、检测样本间的关系、推断亚群间的进化关系。但是PCA分析和绘制的方法并不简单，要花时间学习R语言等分析与绘图工具！

不想被虐？那就赶紧使用免费在线分析云工具（www.omicshare.com/tools/）的高级三维PCA图工具吧！再加上原有的二维PCA图工具，大家就可以随意玩转PCA图、分析数据了！

下面举个例子来跟大家讲讲如何使用高级三维PCA图工具。

我有四组样本，每组两个生物学重复，做了RNA-seq，得到基因的表达量后，我想知道这四组样本之间的关系，以及重复样本间的重复性好不好。（PCA分析就能解决我的问题！）网址：www.omicshare.com/tools

找到“高级三维PCA图”工具，进入工具界面如下。



第一次使用的童鞋，请务必先仔细看看“案例演示”里面的说明，明白各种输入要求和格式要求后再使用工具~~

上传矩阵表格文件：可参考示例文件，一般第一行为样本名，第一列为基因名。可以是我们结题报告给出来的基因表达量总表，有其他注释信息等不要紧，我们接下来选择用来做主成分分析的列就可以了。

下面是我的数据表格，第2~9列为基因表达量（FPKM），后面是read count数和基因注释信息，我用的是FPKM值来分析。



输入列的ID文件：输入用来做主成分分析的列，在这个例子中也就是样本名称。如果不填，即默认用所有的列来分析的，那么就会出错，所以大家一定要填写。这里可以添加分组信息，即同一组内的样本用相同的颜色或符号标识。添加分组信息后对图形的结果解读更好，建议大家加入。下面是我的列ID文件：输入行的ID文件：输入用来做主成分分析的行，在这个例子中也就是基因名称。通常我们都会用所有的基因来做主成分分析的，因此这里就不需要输入了。

上传好数据表格和列ID文件后，提交任务，就等着收菜啦！任务也是超高速完成的有木有！

高级三维PCA图的结果文件包含两张三维PCA图，一张是点上面有样品名的，另一张是点上面没有样品名的。图片包含了pdf格式和png格式，方便用户选择适合的来使用，也是很贴心的哈！

从图中可以看出，PC1对总体方差解释的百分比最高，达到81.3%，因此我们可以主要看各组样本在PC1主成分上的距离。我们发现WT2组两个样本（蓝色点）在PC1上距离较远，说明WT2组两个样本的重复性不好。一般情况下，我们可以把离群的样本剔除掉，不用于下游的分析，但因为只有两个生物学重复，所以我们并不知道到底哪个样本是离群的。所以还是那句老话，建议做3个生物学重复啊啊啊！

用同样的数据去画二维PCA图（用OS Tools的“二维PCA图”工具），结果也是一样的，同样可看出WT2组两个样本相距较远。二维和三维PCA图的结果，大家都可以放在文章中哒！



另外，大家想增加什么新工具，可以点击“阅读原文”去留言，我们将会考虑最多人提出和支持的工具，作为我们下一步开发的优先选择。还在犹豫什么，赶紧回帖与支持吧！点击“阅读原文”告诉我们你想要什么新工具

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