刘如谦等专家驳斥“病毒非自然形成”阴谋论,印度团队已将论文撤稿修订

 

阴谋论的诞生往往,没有什么成本。...



撰文:黄珊

来源:DeepTech深科技

自新冠病毒疫情爆发以来,各式各样的“阴谋论”在互联网上流传。

随着日前一篇由未经评议文章,上传到了生命科学领域最大预印本网站 bioRxiv,“新冠病毒并非自然形成”的说法甚嚣尘上,在中外舆论场,引发了大量讨论。文章来自印度理工学院德里分校研究团队。

这个时候,我们该选择相信什么?



图丨此次的印度论文(来源:bioRxiv)

印度学者:新冠病毒被插入 HIV 病毒关键氨基酸序列



先来看看这是一篇,怎样的文章。

这篇名为“Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag(HIV Env/Gag 和 2019-nCoV Spike 蛋白间特异序列插入的,异常相似性分析”)的论文指出,这次新冠病毒 S 蛋白的 4 个不连续位点被插入了 HIV 病毒的氨基酸序列。

S 蛋白(spike protein, 棘突蛋白)是帮助冠状病毒与宿主受体ace2结合,的关键存在,这些蛋白质的变化可以反映为病毒,宿主特异性的变化。确定 S 蛋白的具体区域对新型冠状病毒疫苗,的研发非常重要。

由于新冠病毒的 S 蛋白与 SARS GZ02 具有最相似的血统,团队因此使用 MultiAlin 软件比较了这两种病毒的 S 蛋白编码序列,发现了四个新插入片段:“GTNGTKR”(IS1),“HKNNKS”(IS2),“GDSSSG”(IS3)和“QTNSPRRA”(IS4)。

然后,团队使用 pBLAST 序列比对工具,检索了美国,国立生物技术信息中心(NCBI)的病毒基因组数据库,从已知的病毒基因组中鉴定出与新冠病毒,这些短序列相似的存在。该数据库包含超过 300 万个病毒基因组序列。



图丨 NCBI 的病毒基因组数据库(来源:NCBI)

结果显示,所有这四个插入片段与,某个 HIV 病毒变体匹配。相似序列来自 HIV 病毒中的 gp120 和 Gag 蛋白,前者也是病毒包膜识别,蛋白。

这篇未经评议的文章中提到,几个关键点分别在于,这四个片段发挥识别动物,细胞的功能,未在冠状病毒科的,其他种类中观察到,反而都映射到 HIV 病毒氨基酸的短片段,“不大可能会自然发生”。

研究人员在这,篇文章中指出,在新冠病毒 S 蛋白的立体结构上,这 4 个插入位点恰好与动物细胞膜上的,病毒受体相互结合,也就是说,这 4 个插入位点的存在可让病毒更,好地入侵动物细胞,使其具备和 HIV 病毒类似的感染能力,而其毒性则仍,由冠状病毒所决定。



图丨新冠病毒的模拟蛋白(来源:bioRxiv)

文章写道:“令我们诧异的是,这片段不存在于 SARS 的 S 蛋白中,而且在冠状病毒科的其他种类中,也未观察到。这令人震惊,因为病毒不太可能在短时间内,偶然地获得这种独特的插入片段……

“有趣的是,尽管这些插入片段在一级氨基酸序列上,表现为非连续,但 3D 建模表明,它们会聚在一起构成,新冠病毒的受体结合位点……

“最新 28 种临床分离株的基因组,序列显示,这些插入部分存在于所有,分离株中。也就是说,新冠病毒已经获得这些,插入片段,为其提供了额外的,生存和感染优势。”

尽管没有明确声明,但不难看出,这篇未经评议论文在暗示,新冠病毒可能是人工干预,的结果。

截至目前,这是我们看到将新冠,病毒与 HIV 病毒相关联的,唯一此类主要论文。

哈佛大学刘如谦:这项研究不靠谱



新冠病毒疫情正在全球,蔓延,在这个时间点上发表,这样充满阴谋论色彩的言论,再加上近日发现对新冠,病毒起作用的药物包括抗艾滋病药物,文章迅速引来了大量关注。不少行业内的,研究者纷纷发表看法。

对于这一耸人听闻的,研究结果,哈佛大学科学家、CRISPR 基因大牛刘如谦(David Liu)教授在推特称这,一研究结果不靠谱,纯属阴谋论。



图丨刘如谦评论(来源:推特)

刘如谦写道:“仅凭借短插入片段,就声称新冠病毒起源‘不太可能是自然界偶然,发生’已经让人高度怀疑,这是弄丢钥匙却,只在路灯下寻找的经典做派。这个世界已经足够可怕,我们不需要错误的,分析来激起阴谋论。”



图丨 ARI ALLYN-FEUER 批判文章(来源:theprepared.com )

一位名为 ARI ALLYN-FEUER 的美国生物信息学博士、任职某大型制药公司首席科学家则发表了,更为详细的文章,从三个方面驳斥了“新冠病毒是用人工手段由 HIV 病毒改造而来”的说法:

首先,印度文章中关于新冠病毒的,序列与其最接近已知近亲序列有所不同,这一点并没有什么特别的。

其次,与 HIV 病毒的序列匹配,的片段非常短,且都出现在两种病毒,的高可变(高可变)区中。新冠病毒和其他的病毒,也已经发现了相似的重叠片段。

最后,从理论上讲,HIV 病毒可以赋予其他病毒艾滋病毒特性的片段没有,出现在新冠病毒中。并且新冠病毒也没有已知冠状病毒所没有,的独特临床特性。

“换句话说,序列重叠实际上并没有什么,稀奇的,这并不是什么重大,独家新闻。这个印度小组陷入了,生物信息学研究误区”。至此,他认为印度研究者的工作,得出的结论有误导公众之嫌,最核心的论点是“新冠病毒与 HIV 病毒重叠的序列特别短,完全不能体现 HIV 的特性。”

与此同时,在超过 300 万个病毒基因组序列中寻找,相似的片段,是一件非常容易的事情。印度文章发表后,的数小时内,便有其他科学家指出,用 pBLAST 检索 4 个序列,发现很多其他种类的病毒、甚至是细菌、原生动物、真菌、果蝇、植物当中,也存在相似情况,“不明白为何印度这支团队,第一时间想到的是 HIV 病毒”。在国内,知乎网站上也有关于这篇,文章的热门讨论,驳斥印度文章的论据也主要集中在上述,的几个方面中。




图丨 pBLAST 检索情况(来源:pBLAST)

随着驳斥印度文章的,大量专业声音涌现,论文的研究团队今日宣布,将从预印本网站,中撤回并发布修改版本。



图丨印度团队回应声明(来源:bioRxiv)

早在 1 月 29 日,这篇印度学者文章就,引起了美国流行病学家和公共卫生科学家 Eric Feigl-Ding 的高度关注。他还专门在推特上针对该论文,展开持续的讨论,他给出的 5 点结论是:

1. 武汉华南海鲜市场,不是病毒最初来源;

2. 新冠病毒突变快;

3. 新冠病毒具有任何冠状病毒,中从未见过的异常片段;

4. 新冠病毒与艾滋病毒的“混合”不是最近发生的;

5. 异常片段负责进入宿主细胞,的蛋白质。

虽然这些结论同样,具有高度指向性,但 Eric Feigl-Ding 仍在推特中声明“我绝对不是在说生物工程,也不是在支持任何,没有证据的阴谋论。我只是说科学家需要做更多的研究并,获取更多的数据,病毒溯源将是研究,优先重点。

由此,这篇富有争议的文章也为,我们留下了一个更广阔的重要问题:

对于那些正处于快速,变化阶段、当下全球公众迫切,关心的事件,未经同行评议的相关科研,成果是否还被允许照常公开发表?

这是个难题。

参考:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf

https://theprepared.com/blog/no-the-2019-ncov-genome-doesnt-actually-seem-engineered-from-hiv/

本文经“DeepTech深科技”(deeptechchina )授权转载。
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