当AI遇到癌症疗法,“癌症=感冒”不是梦!

 

人工智能(Artificial Intelligence, AI)近年的飞速发展深刻影响,了各行各业,医药产业概莫能外。在AI的加持下,药物的发现、开发、应用等方面的传统方法正(,方法正)经历着革命性的变化。...

01
AI多方面改善肿瘤疗法
人工智能(artificial intelligence, AI)方法有潜力影响癌症疗法,的多个方面,包括药物的发现、临床开发,以及最终的临床应用(图表1)。目前,这些过程既昂贵又,耗时漫长(平均约20亿美元,10年),而且因为常规有限样本随机对照,试验的局限性,对更广泛患者的,治疗结果常有偏差。从机器学习到神经网络的ai平台,能够加速药物发现,捕捉生物标记物使患者与临床,试验准确匹配,还可以仅适用单个患者,的数据真正地个性化癌症疗法。这些进展表明,人工智能改变实践的癌症治疗,可能即将实现。

图表1. AI改善癌症疗法的多个方面


来源:《Science》,中康产业资本研究中心
02
AI辅助大规模筛选试验


AI在加速药物发现方面已经取得进展,并且已经成功使用基因组学,和化学数据预测药物行为,而不是大规模的筛选试验(比如高通量筛选,HTS),这可能会加速药物重定位(即老药新用)。强化学习,即使用奖惩来训练算法,以获得预期的药物结构。Insilico Medicine、药明康德、以及多伦多大学的科学家们仅用,21天就成功设计了一个新化合物,而传统时间线则为1年。随后观察到的药代动力学(PK)特性提示药物暴露和疗效阈值,均能达到,支持深入评估先导化合物。(图表2) 在该研究中,生成式张量强化学习(GENTRL)平台使用靶向酪氨酸激酶,ddr1(盘状结构域受体1)的化学结构数据集,进行训练,该靶点涉及多种,癌症的进展。计算机模拟预测先导化合物和,受体结合,目的为最小化靶向其他酪氨酸,激酶并增强ddr1靶向性。虽然还需要额外的,化合物优化,但这是迈向ai加速,癌症药物发现的重要一步。

图表2. GENTRL模型设计,工作流和小分子苗头化合物
a. gentrl分子设计总的工作流,与时间线;b. 已知的ddr1激酶抑制剂与生成,的代表性结构;c. 生成的对人类DDR1激酶抑制剂活性最强的化合物

来源:A. Zhavoronkov et al., Nat. Biotechnol. 37, 1038(2019);中康产业资本研究中心
03
AI增强组合疗法的发现


AI增强药物发现代表了过程管线中需要优化癌症疗法的一个阶段。在传统的药物开发中,已批准药物和在研化合物经常在临床前和临床中,联合递送以针对多个药物靶点,改善治疗效果。随后的剂量递增临床研究识别达到药物,协同作用的剂量,即药物组合比单用效果更佳。不幸的是,如脱靶效应之类的问题会因不可预见的,毒性而排除药物批准。此外,设计良好的化合物在非最优,剂量下给药可能会限制效果。因此,优化后的组合疗法设计,同时识别用于组合的最佳药物、针对正确靶点的最佳剂量,同时最小化毒性。对于每个药物测试在多个剂量下所有可能的,药物组合是几乎不可能的。然而,ai能够通过大幅度减少解析药物和剂量参数所需,的试验数量克服这个挑战,从而优化组合疗法开发。

达到药物协同作用是设计组合疗法,改善效果的传统研究方式的关键目标。然而,患者对于组合疗法的,反应是高度差异的。计算模型显示有效的组合疗法可不需药物加和,性或协同作用即可实现,独立作用具有良好疗效的药物的组合可以比协同作用驱动,的组合更能改善治疗结果。使用来自招募大量不同癌种患者的临床,试验的数据进行肿瘤生长动力学建模并预测药物敏感性,证明最大化独立药物效果是治疗反应,的主要决定因素。

ai将在设计不依赖,基于协同作用建模的药物组合,或者预测不同药物靶点和通路的协同作用,中发挥关键作用。这可能会显著增加可用于治疗,的药物池,并且识别表现优于标准治疗的未预,料到的药物组合。当每个候选药物的,剂量也被考虑时,可能的药物和剂量组合,对于全面验证过于宽泛了。然而,ai能迅速解决大量药物和,剂量参数空间。例如,二次表型优化平台(QPOP)使用抛物线代表的二次关系,来直观地关联一组输入(如药物和剂量)与优化的输出(如最小毒性的,临床前肿瘤减小)。这种关联显著地减少识别优化组合疗法,设计的药物和剂量所需要的试验和数据数量。此外,QPOP对于疾病机理、药物靶点和药物协同,作用是不可知的。

qpop平台评价了,治疗多发性骨髓瘤(MM)的14种化疗药物和组合疗法。结论的药物组合是出乎意料且不自然地被qpop识别的地,西他滨和丝裂霉素c组合,与标准护理的药物组合相比显著改善了多发性,小鼠骨髓瘤模型的结果。重要的是,不论地西他滨还是丝裂霉素c单药疗法,都不能独自介导效果,但是它们的共同给药优化,地且协同地减少了肿瘤负荷。扩大qpop用于建立靶向疗法和免疫疗法的,组合将会是迈向超越化疗的治疗策略的重要下一步。
04
AI用于适应性疗法


当肿瘤药物进入临床验证,它们的监管批准率被报道,低至3.4%。在临床试验设计中的新近进步是,使用生物标记物,如基因组改变,因为它们有潜力作为,治疗反应预测指标,来对患者招募分层。在研究招募中包含生物标记物,相比传统分层信息,如病理或对先前治疗,的反应,已改善了患者结果。结合患者生物标记物,数据和电子健康档案(EHRs)用于ai分析也许可以进一步,影响试验结果。在SYNERGY-AI研究(NCT03452774)中,实验医生队伍能提供远程治疗,指导和诊断输入的虚拟肿瘤板,以及ehrs可将肿瘤患者,与适当的临床试验配对。ehrs勾勒的多个疾病,因素将与无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)关联来评估试验匹配平台,的效果。虽然多种类型的数据可能,对分层有用,ai最终将需要人群规模和个体化,数据来确保患者对于所接受的疗法,包括AI设计的疗法,有较高的响应可能性。

ai对于癌症疗法怎样,给药也起到关键性作用。最大耐受剂量(MTD)可消灭对药物,敏感的肿瘤细胞,但是耐药细胞最终,会导致治疗失败。针对这个挑战探索了博弈论,用剂量减少算法与肿瘤竞争,以防止耐药细胞数量超出,药物敏感细胞。这被称为适应性疗法(adaptive therapy),并且通过维持肿瘤中敏感细胞,的阈值以对抗耐药细胞的增殖,可能会延长治疗效果。适应性疗法近期被用来修改,用于治疗小鼠乳腺癌模型的紫杉醇剂量。在观察到肿瘤尺寸减小后,一种适应性疗法算法(AT-1)反复减少紫杉醇剂量。AT-1被与一种在观察到肿瘤,减小后停止给药的固定剂量算法(AT-2)和高剂量标准疗法相比较。与AT-2和标准疗法相比,AT-1算法改善了肿瘤控制,和生存,证明博弈论驱动剂量相比已建立的,高剂量(高剂量)疗法能够改善治疗结构(图表3)。

图表3. 应用于mcf7临床前模型,的不同治疗的mri(核磁共振影像)体积数据


ST:标准疗法(紫杉醇,20mg/kg,腹腔内,每周2次,共2.5周);AT:由算法决定的不同剂量;Ctrl:对照组。

数据:P. M. Enriquez-Navas et al., Sci. Transl. Med. 8, 327ra24(2016),中康产业资本研究中心

适应性疗法(图表4)被转化用于一项针对接受阿比特龙激素疗法的,前列腺癌患者的预备试验。适应性疗法队列平均接受47%标准阿比特龙剂量,还有3名患者接受低于25%传统剂量。在报告的时间,11名适应性疗法参与者中,有1名出现肿瘤进展。这指示在这个队列中,使用生物标记物前列腺,特异性抗原(PSA)和放射性成像估计中位进展时间,不少于27个月,优于使用连续阿比,特龙疗法的11.1个月(PSA)和16.5个月(放射影像)。为最大化这个平台的获益,将可能需要使用根据每位患者对疗法的,反应的个性化适应性疗法,而不是基于人群,的剂量调整规则。

图表4. 适应性疗法中设计的进化动力学示意


来源:J. Zhang et al., Nat. Commun. 8, 1816(2017),中康产业资本研究中心
05
AI用于个性化疗法


为进一步个性化用AI给药的患者特异组合疗法,一个神经网络衍生平台CURATE.AI利用二阶代数算法,动态关联最佳肿瘤减小的剂量和在任何,治疗时间点的安全性,仅使用单个患者的数据即可调整,多药剂量。在一名接受恩杂鲁胺激素疗法,和一款在研含溴域和额外终端域(BET)抑制剂的患者中,诸如医生指导剂量变化和相应的psa量的,数据被用于推荐减少50%的bet抑制剂剂量,来增加疗效。随后两种药的动态剂量产生了,持久的响应,并经ct影像确认停止了,肿瘤进展。该研究成功地使用ai来调整,经验疗法剂量,证明与固定和高剂量(高剂量,)化疗相比,剂量指导不需要大数据和复杂,的基因组信息,即显著增强了治疗效果。未来研究将需要评估这个平台是否能够用额外种类,的疾病标记物来实施。而且,因为这个平台,的个体化性质,还需要在较大的患者队列,中进一步评估。因此,该平台正在一项涉及大量血液恶性肿瘤患者的,临床试验中测试(NCT03759093)。

图表5. 人工智能平台CURATE.AI指导剂量示意


来源:A. J. Pantuck et al., Adv. Ther. 1, 1800104 (2018);中康产业资本研究中心
06
结语


AI代表了通向下一个癌症疗法前沿的途径,将超量的不同类型的,数据整合成可操作的治疗。其部署的障碍之一是其在癌症治疗工作流程,的狭窄段的孤立使用。例如,ai优化的化合物与其他疗法非最优组合或剂量不对,不太可能实质性地改善患者结果。克服肿瘤的挑,战将要求在发现、开发和使用全流程无缝,实施ai。潜在的下游应用包括通过整合多种治疗,策略的定制方案,增加个性化护理的解决。例如,维持稳定的肿瘤尺寸,控制的ai优化放疗剂量,能潜在地与其他,ai驱动的药物应用相结合。最终,将ai全面适用到临床肿瘤实践可以改善药物可及,性并减少健康护理成本。随着ai不断被验证和,广泛实践的路径被确定,它重定义癌症疗法临床,标准的潜力正在变得愈加明显。AI加持下的癌症疗法,将如虎添翼,使人类走上彻底,征服癌症的快车道,将来“癌症=感冒”不是梦!


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