非常实用的序列存储和分析软件—Lasergene

生物学实验中基本上都会涉及到基因/蛋白的序列，针对序列也有非常多的软件用以存储和分析。...





生物学实验中基本上都会涉及到基因/蛋白的序列，针对序列也有非常多的软件用以存储和分析，这里再给大家推荐一款功能丰富、操作简单的软件——Lasergene（一直以来都是用这款软件，十分好用）。

Lasergene功能丰富，包含了碱基序列存储标记、酶切位点分析、蛋白翻译、序列比对、引物评估、蛋白序列分析等一系列功能。

下载安装之后，就是长这样的：



接下来详细介绍这款软件在序列存储和标注分析方面的应用：

序列存储和标注分析

1、  存储


和
都可以用来存储数据（文件格式分别是sbd和seq），一般可以直接用
，因为后面的序列标注分析都是在这里进行的。下图就是
存储序列的原始页面。



2、  初步标注

完成原始序列存储后，可进行基因ORF区的标注、大小写区分基因元件、蛋白翻译等。

Edit——Find——ORF——FindNext（一般选择最长的那条，可以和NCBI上信息验证一下），此时ORF区就会被选中。



Features——NewFeature——在Note中加入标记（ORF或者CDS），就可以把该基因的ORF区标记出来。为了符合生物学上对序列常规的标记，可以通过Format——case——选择将碱基标记成大写字母。



下一步就是对ORF区进行蛋白翻译（不是必须的，可以看情况选择是否进行这个操作）：

取消左侧的蛋白翻译——选中标记的ORF区——PartialTranslations——New translation——键入名称（ORF或者CDS等）——OK，即可将标记的ORF序列进行蛋白翻译。（File——Save，便可将这种格式进行保存）

注：如果想查看某个碱基改变是否会影响蛋白序列，只需要把对应碱基进行置换，对应的蛋白序列就会发生变化，一目了然。



3、  序列查找及深入标记

除了对序列的初步信息的标记外，还可将设计的引物进行标记，方便后续的信息查询。

根据设计得到的引物序列，在Edit——Find中进行查找，标记引物标签（与标记CDS操

作一致），右击标签—— EditFeature Style——修改标签的颜色和样式等。



通过对目标序列的处理，就可以对目标序列的许多信息进行标注，简单实用。

当然，这里只是针对序列的初步存储和标记的一些介绍，这款软件还有许多的实用功能，我们未完待续。

    关注 欧易生物