OBIB——生物样本库中一个新型的本体

 

本文主要展示和描述了OBIB。OBIB合并了两种本体:OMIABIS和BO,两个源本体没有重叠,产生的新本体的覆盖范围明显大于源本体。本体研究的关键意见在于增强了信息相互操作性方面的潜力,大大减少对相同涵义信息的表达异质性。...

生物样本库BS小组



摘要:

背景:生物样本库需要数据的分析和样本共享,因此广泛的数据整合是非常必要的。已经证明本体是一种有效的方法,可以培养更好的生物样本库相关数据的语义集成。迄今为止还没有一种本体可以提供获取广泛生物库的用户场景的覆盖范围。

方法:基于开放生物学和生物医学本体论铸造(The Open Biological and Biomedical Ontologies Foundry,OBO Foundry )提供的原则,已经开发了两个生物样本库本体。由于使用同样的上层本体以及重复使用同样的一组预先存在的本体,促进了这两个本体以一个符合最初开发原则的模块方法合并。

结果:基于前两个本体创造了新的生物样本库本体OBIB(http://purl.obolibrary.org/obo/obib.owl)。由于两个源本体没有重叠,产生的新的本体的覆盖范围明显大于源本体。这个本体成功地用于管理宾夕法尼亚大学医学生物银行的生物样本库信息。

结论:共享开发原则及上层本体可以促进随后本体的合并,实现更广泛的覆盖范围。

关键词:本体;生物样本库;生物储存;术语集;

编者按:这篇文章主要展示和描述了OBIB(Ontology for Biobanking)。OBIB合并了两种本体:OMIABIS( Ontologized MIABIS )和BO( Biobank Ontology),BO是宾夕法尼亚大学研发的一种更聚焦于样本的生物样本库本体。本体研究的关键意义在于增强了信息相互操作性方面的潜力,大大减少对相同涵义信息的表达异质性。

 

作者:Brochhausen M【University of Arkansas for Medical Sciences, USA】

编译:胡月【南京鼓楼医院】

校审:叶庆【南京鼓楼医院】

原文:【16108】

OBIB-a novel ontology for biobanking. J Biomed Semantics. 2016 May 2;7:23. doi: 10.1186/s13326-016-0068-y. eCollection 2016.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27148435


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