简易TCGA下载工具使用教程

 

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件,它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外,还提供临床数据的简单处理,将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据。...



简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件,它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外,还提供临床数据的简单处理,将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据;另外,对于RNA-seq,methyarray,miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块,并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程,希望可以帮助大家快速,批量下载TCGA数据。

第一步,在左侧癌症列表中双击选择所需下载的癌症类型



第二步,选择需要下载的样本类型,默认选择原发癌和癌旁正常组织,根据需要单击选择所需样本类型,当所有样本类型均不选则下载所有的样本类型



第三步,单击重新检索按钮检索可下载资源列表



第四步,根据检索的下载资源列表,单击选择所需下载的数据类型



第五步,单击选择,选择数据保存路径,单击确定就可以开始数据的下载任务



第六步,如下载的数据类型是Clinical,则可以通过Clinical解析按钮将临床xml文件转换成Clinical_matrix.txt文件







单击Clinical解析按钮:





Clinical解析生成数据Clinical_matrix.txt展示:



如下载的是数据类型是RNA-seq,methyarray,miRNA,则可以通过合并文件按钮将单个文件合并生成矩阵,对于RNA-seq数据,可以通过ENSG_ID转换按钮将默认是ENSG_ID转换为geneSymbol





合并文件生成数据Merge_matrix.txt展示:



单击ENSG_ID转换按钮:







ENSG_ID转换生成数据Merge_matrix.txt.cv.txt展示:

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