一步一步，如魔鬼的步伐--教你制作简单的network图

Cytoscape在手，没有看不破的迷雾，没有解不开的谜团。一步一步，如魔鬼的步伐教你制作简单的network图。...

为了配合耸人听闻的标题，先要接地气地来个简单的例子：

如何直观的理清他们的关系，又可以知道他们的性别，年龄和社会状态？

首先将上表复制到excel表格中，命名为“接地气的例子”（当然，这不是必须的），保存为xls格式，或者其他格式（当然需要是Cytoscape可以识别的格式）。

打开Cytoscape（不知其为何物？请关注之前的公众号文章）。点击Improt  Network From Files,导入“接地气的例子”。选取“姓名"为souerce Nodes，相关人为target nodes，点击确定。有那么点头绪，但是不知道性别、社会状态和年龄大小？那么我们把女的标记为红色，男的为蓝色（默认颜色）。图标大小根据年龄大小展示，不同形状的图标代表不同的社会状态，那么得到下图：具体怎么操作呢？点击Improt  Table From Files导入“接地气的例子”（又是我），然后点击style，Node(左下角，初次点开style会默认选择Node)右键编辑Fill color,Columa选择“性别”，   Discrete Mapping，右键编辑“女”为红色，“男”为蓝色，继续下一步，点击Size ，Continuous Mapping，拖动左右方块来设置相对大小。如下图所示：最后设置一下“社会状态”，点击Shape，选择“社会状态”，Discrete Mapping，学生方块，工作为圆形，退休为三角形，那么我们就得到了上上图。

在这张图上你可以手动微调，调整每个图标的位置，左键点击图标一直按住（此时图标为黄色），进行拖动即可。是不是一目了然了呢？掌握了上面这些，画一些基本的关系图已经没有问题了。

回到生物信息分析上来（终于回来了。。），使用Cytoscape我们可以画各种关系图，尤其是组学联合分析图，比如下面这张circRNA-miRNA关系图:在上图中，我们可以根据自己的个性化需要，修改对应基因的颜色和其他属性，也可以调整基因位置使图片更加美观。Cytoscape可以直接打开保存为cys格式的文件，直接在原有基础上进行修改（是不是很强大！）。如果你手中有network图的原始数据，也可以按照上面的说明自己画图。不管是miRNA, mRNA,circRNA,lncRNA还是protein,Cytoscape都可以将它们一网打尽。

这里可以介绍一个小功能，就是Cytoscape的MCODE(可以在Cytoscape Apps中下载，当然里面还有许多有用的Apps,尽情遨游吧。)这个Apps的功能简单说就一个字cluster（聚类），就是把network关联度高的基因（蛋白）聚为一类。那么怎么使用呢？首先在Apps中启动MCODE，然后点击



就是这么简单。点击之后cluster便呈现出来了，如下图：点击



你所点中的cluster映入眼帘：你还可以输出他的文本结果，直接点击



就可以了。用不同的颜色显示不同的cluster之后，network图就宛如一张云图，美轮美奂：到这里，MCODE的介绍就结束了（其实是没有更多可以讲的了）。

有些老师有蛋白互作图的需求，Cytoscape同样可以实现。本篇文章最后一个接地气的例子来了。登录http://www.string-db.org/网站，我们把斑马鱼的蛋白关系表下下来，怎么下载呢，直接点击



选择物种，下载就好了。这里面包含全部的蛋白互作关系（对于不知道的当然是福利了）。下载下来格式是这样的（在windows下因为太大打不开，因为有1G左右，只能在linux下一睹真容了）：不过我们可以直接用Cytoscape来做图，然后我后悔了，因为电脑差点崩溃了。所以我决定再举一个例子（为什么不删掉前面的话，因为福利送出去了，就不能收回来了。），它的格式是这样的：



这是在线提交后string的典型输出格式。按照上面的操作，画好的ppi图如下所示：对于最下面的那些一对一的，可以右键delete，手动删除，然后调整一下，把其中上调的设置为红色，下调设置为绿色（可以通过导入带着上下调信息的Table设置或者手动设置），结果就是这样：到这里关于Cytoscape的就该结束了（又是没有更多可以讲的了？其实有些事难以说太细），Cytoscape的功能还有很多，在这里就不一一列举了（当然是因为连我都还没掌握）。从一无所知，到可以写这么一个“教案”（允许我自夸一下），真正学习的时间并不多，所以Cytoscape算是一款比较简单易学的软件。

关于Cytoscape更多的功能我也在摸索，欢迎交流。

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