《自然》与子刊化学结构式格式指南

《自然》及自然研究型期刊（《自然-化学》《自然-化学生物学》《自然-纳米技术》等）、《自然-通讯》和自然综述型期刊（《自然综述：化学》《自然综述：材料学》等）对化学结构式的偏好。...





因为个人偏好不同，化学结构式的画法是多种多样的，但是我们的期刊希望尽可能统一格式。

投稿初期，没有必要根据我们的格式指南来画化学结构式，但是最终发表时，我们会和作者进行沟通，使结构式画法标准化。

以下展示的是《自然》及自然研究型期刊（《自然-化学》《自然-化学生物学》《自然-纳米技术》等）、《自然-通讯》和自然综述型期刊（《自然综述：化学》《自然综述：材料学》等）对化学结构式的偏好。

根据这些偏好和相关的ChemDraw stylesheet绘制结构式和基于结构式的图形，意味着后期制作编辑可以尽量少地干预。同时，这还可以减少图形布局的修改，进而减少稿件在被接受后出现错误的概率。

我们知道这些指南在某些情况下并不适用，本指南结尾列举了一些具体示例；但是，我们仍建议一开始根据模板绘制所有结构式，之后再根据需要进行适当修改。如果看完本指南，您仍有疑问，请联系具体期刊了解更多信息。

化学键

应使用标准化学键角，并且通篇保持一致（分子的3D结构和复杂的多环结构例外）。



化学键粗细应保持一致。若要强调某个特别的键，请使用彩色标记；如果只用加粗来强调，可能被误认为是立体化学键。



化学键长度应保持一致，但为了避免原子标注与结构式的其他标注或结构冲突，可以进行一些调整。



红色和蓝色标记的化学键分别过长和过短。

共轭结构使用单双键交替表示而非圆圈电子云（允许一些例外，如环戊二烯基负离子）。



使用ChemDraw模板生成的结构应特别注意。



红色和蓝色标记的化学键分别过长和过短。

原子标注

只有杂原子和反应中发生变化的基团应该标出。





如果甲基和一个杂原子相连，最好标注成“Me”；而如果和其它的碳原子相连时，只需表示为一个无标记的键。如果有需要的话，末端甲基也可以表示为CH3，但要注意通篇保持一致。甲基、氢原子或是其他标注与杂原子相连时，一般不需要把连接的键画出来。

推荐的常见基团缩写为：CO2H, NO3, NO2, SO2, N2, N3, OPO3H（Pi和在圆圈中的P在某些反应式中也能接受）, Ph, Ac, Bn, Me, Et, iPr, Bu, nBu, tBu, Fmoc, Boc, Bz, Cbz, PG, LG, R, Nu, E (or E+ ), X。 如果是非标准缩写，应加以说明。对于某些处于结构中间的基团，使用缩写容易引起歧义（特别是在非专家群体中），最好能把完整的结构画出，并通篇保持一致。



电荷符号外不要带圆圈。正负号应标注在带电原子上，例如R3N+H（而不是R3NH+）；不过它们在原子周围的具体位置可以灵活处理（参见下面的示例）。使用电荷标记工具，而不是将其包含在原子标注中。电荷标记大小由字体大小决定，一般显得较小，可以放大以显示清楚。





解离形态的盐应包含反离子。



自由基的大小要合适。与电荷一样，推荐使用ChemDraw的自由基工具来标记，并且放大以便显示清楚。



通过R添加数字作为描述符来表示不同基团时，数字应为上标而非下标。这样可以避免潜在的混淆：无法区分不同的R基团与多个相同的R基团。



有机金属化学

画芳香族配体透视图时，调整双键之间的间距，将键间距改为绝对值而不是键长的百分比。



带电荷的配合物可以把电荷画在金属原子的右上角，或是整个配合物的右上角，但是一定要通篇保持一致。



如果可能，请标注出反离子，但格式要通篇一致。尽量少用配位键。



立体化学

对映异构体、非对映异构体、顺式和反式异构体需要进行额外定义。

注意：如果因为需要调整方向、排布或翻转而重画某个手性分子，一定要重新判断它的构型是否与实际一致！（使用ChemDraw翻转结构式可以得到对应的镜像）。我们建议在ChemDraw的“Object”菜单中选择“Show Stereochemistry”，比较前后结构。

为体现立体化学，应用楔形的粗线或虚线标注。除非为了明确立体结构，否则省略氢原子。

使用楔形而非粗键。楔形键的方向与透视无关；楔形的尖头表示原子“在纸的平面内”，以便在该立体中心处确定绝对构型。



箭头

根据下列示范的指定用途，正确地使用各种箭头。







机理图示中的弯曲箭头应从一个断裂键的中心或孤对电子指向新成键中心或特殊的原子。我们推荐使用ChemDraw的“Pen tool”（钢笔工具）来精确地绘制箭头的位置，而不是使用模板中的弯曲箭头。

出版格式要求

字体/格式（ChemDraw模板已经设置）：

• 原子标注字体为Arial或Helvetica，字号6 pt。

• 不要勾选“Show Labels on Terminal Carbons”和“Hide Implicit Hydrogens”。

• 请按照以下要求进行设置：

• 固定键长：0.381 cm

• 键间距：18%键长*

• 线宽：0.021 cm

• 粗体宽度：0.055 cm;

• 页边距：0.042 cm

• 切割线间距：0.06 cm

• 链角：120°

*在画倾斜的不饱和环时，有可能需要重新调整以达到美观效果。



告警：ChemDraw提供一些告警选项，在必要时会向用户发出提示，比如某个原子的键过多或过少、括号不对称等。当前我们的模板启用了该选项，有助于定位可能存在问题的地方（虽然需要我们自行识别告警产生的原因）。不过，这个告警系统不能发现每一个问题，因此请根据上述的偏好格式及你的化学知识来确定你所画结构的正确性。

特例

我们给定了很多很好的规则，但毫无疑问存在一些特例。最明显的例子就是一些超大、超复杂的分子，比如树枝状大分子，如果使用上述标准设置绘制会超出页面限制。

在这种情况下，我们建议先使用标准设置绘制结构，然后按比例缩小到合适宽度。应在ChemDraw中执行缩放；键宽和原子标注不应该首先被缩放。

原子标注字号的最小值是5 pt。



如果使用标准设置绘制，这个大分子就会超出页面限制。现在适当调整了键长，原子标注字号改为5 pt，线宽依然为0.021 cm。



这个分子只是复杂碳水化合物合成反应中的一部分。为了适应页面大小，该结构已经缩小至原本尺寸的83%。正常情况下，不建议像这两个例子一样进行缩小处理，因为它会影响可读性。



这些结构被按比例放大，因而能够更清楚地展示反应机理的细节。这些结构在开始时按正常大小绘制，之后由于空间充足，因此进行了放大处理。ⓝ

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