Angew. Chem. "不检点"的光交联基团

本篇文章用无凝胶定量蛋白质组学对这些光交联基团导致的背景标记进行了研究，全面地盘点了光交联基团本身特异性的结合靶标的蛋白。...



大家好，这周带来一篇Angewandte Chemie International Edition上的文章，"A Whole Proteome Inventory of Background Photocrosslinker Binding"

Affinity-based protein profiling (AfBPP) 是一种应用广泛的，验证生物活性分子的靶标的方法。将光交联基团连接在小分子上制成探针，用UV照射后共价的连接到靶蛋白上，再进行蛋白质组学定量分析。常用的光交联基团，有二苯甲酮、芳香叠氮基团，双吖丙啶基团等。尽管他们应用很多，但是对于光交联基团本身特异性的结合靶标的研究几乎没有。(也就是由于光交联集团带来的脱靶，造成背景影响）。所以本篇文章用无凝胶定量蛋白质组学对这些光交联基团导致的背景标记进行了研究，全面的盘点了这些被标记的蛋白。并且将一个蛋白质激酶抑制剂H8连接上双吖丙啶基团制成探针，将其标记的蛋白与光交联基团单独标记的蛋白对比，并揭示了光交联基团造成的背景，对于确定蛋白质相关位点信息有极大的帮助。

首先将三个光交联基团分别连接上炔基，同时用不连接光交联基团的分子作为对比，分别在两个细胞系中用 SILAC方法来与DMSO对比，再用LC-MS分析得到每个光交联基团结合蛋白的火山图，平行试验后认定其中特异结合的、可信的蛋白靶标。每个光交联基团标记的蛋白不同，在不同细胞系中也各有差异。

由于双吖丙啶光交联基团（DA）现在得到较多的应用，所以将它分别连接不同的基团（scaffold）再进行上述过程，来研究这些scaffold对于标记蛋白的影响。再将两个细胞系中，所有DA标记的蛋白都展示出来，发现主要有三类，膜蛋白及膜相关蛋白、催化的酶类以及小分子结合蛋白。又研究了光交联基团浓度和紫外照射时间对结合蛋白的影响。最后用一种蛋白激酶异喹啉磺酰胺抑制剂H8，将它制成探针以后，将标记的蛋白富集出来与只有DA光交联基团标记的蛋白进行对比，剔除可能因为光交联基团自身特异性结合的蛋白，得到可以信赖的探针结合蛋白。可以看到探针抓出的蛋白中一大部分都可能是非特异的、由于光交联基团自身结合的蛋白而不是探针分子上有于抑制剂存在而特异的抓到的蛋白。可见对于光交联探针结合蛋白的背景的研究有多重要。

文章链接： http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201605993/full

文章引用： DOI: 10.1002/anie.201605993View

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