基因组de novo染色体定位：Hi-C技术 VS 遗传图谱

染色体定位方法大比拼~...

继一代测序之后，二代测序的低成本、高效率深受广大科研者们的欢迎和喜爱。自2008年以来，应用二代测序完成并已发表的基因组文章就有近300篇。其中已完成基因组de novo测序组装还未发表的基因组不计其数。然而，由于物种群体和技术方法的限制，绝大多数基因组都没有组装到染色体水平，这样不仅无法进行结构变异、染色体互作等染色体水平的研究，而且使得动植物遗传育种、抗病、抗逆及功能基因定位等研究的准确性也大打折扣。通常，我们都是通过构建遗传图谱将基因组序列组装到染色体水平的，而Hi-C新技术则是通过单个个体就可实现序列染色体定位。那么两种方法又该如何抉择呢？

遗传图谱优点

1可以进行QTL性状定位

遗传图谱可以将物种的重要性状定位到染色体区段上，经进一步筛选最后找到调控该性状的候选基因。

2通过分子标记辅助育种

遗传图谱可以找到与优良性状紧密连锁的分子标记，通过鉴定该分子标记辅助该物种的育种工作。

3确定遗传距离

通过重组率的计算，可以明确得到两区段之间的遗传距离。

HI-C技术优点

1无需群体，单个个体就能实现染色体定位

很多物种都无法构建遗传群体，包括大部分高等动物；野生动物、植物；林木；果树等等。Hi-C是通过染色体上空间距离、线性距离的不同而导致的交互频率的不同来完成染色体的定位，所以不需要构建群体。

2标记密度更大，序列定位更完整

相比遗传图谱，染色质之间的交互频率具有更高的标记密度，如此高密度的标记不仅可以使较长的Scaffold挂载到染色体水平，而且连较短的Scaffold也能被定位。所以，通过Hi-C技术，一般可以将90%以上的基因组序列定位到染色体。

3对已组装的基因组进行纠错

通过scaffold间的交互频率大小，很容易确定scaffold在染色体上的排列顺序；进而，对已组装的基因组序列进行纠错。

4误差小，更可靠

直接通过单株系进行染色体定位，不仅不受遗传群体误差的影响，而且准确性更高，结果更可靠。

5周期短，成本低

节省构建群体的时间，直接通过个体获取目的片段，进行测序分析，周期更短，成本更低。

百迈客Hi-C辅助基因组组装成功案例

百迈客现已成功利用Hi-C技术将水稻和人的基因组序列定位到染色体。

遗传图谱和Hi-C技术各具优势，具体的选择取决于您的研究需求：

1若您研究的物种，其遗传群体难以构建或者无法构建遗传群体，您可以选择利用单个个体就能定位的Hi-C技术；2

若您想定位更高比例的序列到染色体水平，您可以选择标记密度更高的Hi-C技术；

3

若您对所研究物种的某些性状感兴趣，需要进行功能基因挖掘，为后续的遗传育种奠定基础，您可以选择遗传图谱。

百迈客精品培训班第2期开始报名啦！
主题：自然群体研究策略及方案设计
时间：04月26日 （本周二）15:00-17:00开课
课程内容：
一、群体进化分析思路
1.什么情况下可以做群体研究
2.相对于传统方法，利用高通量测序分析的优势
3.群体进化最新研究思路
二、如何做好GWAS分析
1.GWAS研究新热点
2.各种类型材料的选择要点
3.多倍体、高杂合甚至没有参考基因组的物种怎么办
4.分析结果如何利用与验证

报名地址：https://ke.qq.com/course/128385#term_id=100142583 （点击阅读原文即可一键报名哦）

    关注 百迈客基因科技