序列格式工具

BoxShade：一款好用的在线序列展示工具

工具，我们只推好用的~...

在之前的文章已经向大家介绍了3款用于在线显示工具，其中Jalview和DNAMAN是两款本地软件，ESPript是在线工具，他们各有特色，具体的使用教程参见文末的 拓展阅读 。今天再向大家介绍一款非常好用的在线序列展示工具——BoxShade！

网址：https://embnet.vital-it.ch/software/BOX_form.html

打开链接，我们就可以看到工具的简洁的界面啦，如下图。

BoxShade支持多种打印格式的输出，比如PS、EPS、RTF等。我们这里只需要学会导出矢量图格式EPS即可，如果你想导出Word文档，可选择富文本格式（RTF）。

序列准备和ESPript一样，支持”.aln”格式的文件，序列比对工具为ClustalX默认的输出文件即为aln格式。此外，它还支持msf格式。

这里以ClustalX生成的aln文件为例，用文本编辑器（如Notepad++、记事本等）打开aln格式，如下图。

然后将序列复制粘贴到 BoxShade的序列提交“区域”（这里仅复制了部分序列），如下图，比较关键的参数如 Output format （输出格式）选“竖幅”的EPS矢量图格式，Input sequence format（输入序列格式）这里选ALN。

其他的参数如 Font Size（字体大小调整），Consensus Line（保守序列显示方式），Fraction of sequences（着色范围确定）可根据需求自定义调整。点击RUN BOXSHADE按钮，提交任务。

大约1~2秒左右，就会给出结果，如下图，点击 Output number 1下载结果文件。

EPS像SVG、PDF 格式一样为矢量图格式，可用Illustrator（Ai）软件打开和编辑，以及转换为常见的jpg、png、tiff等位图格式。将刚才的结果容Ai打开效果如下图。

嗯，没错，是黑白的灰度图，干净素雅，喜欢熊猫色的朋友有福了，而且投稿时还能省钱…可是，我还是喜欢色彩斑斓的世界，怎么办？

接下来就交给Illustrator吧，下面介绍Illustrator的“重新着色图稿”工具。打开图层面板，可以发现本文档主要有文字和图形(也称路径，黑色和灰色的矩形)两部分构成，如下图。

想要调色，就需要选中这些矩形，这里有个小技巧，先选中所有文字（这里你也可以对字体进行自定义调整），然后反选，就可以选中这些矩形
，方法如下图。

可通过菜单栏 编辑编辑颜色重新着色图稿打开着色工具（也可点“色轮“）进行调色，方法如下图。

你也可以点编辑选项卡，进行更自由的调整，如下图，或者点图稿组左侧的颜色组展开“配色方案“进行快速调整。