环状RNA火起来了，你对TA了解多少？_【基因芯片知识屋】

一个冉冉升起的新星——circRNA，已是科研工作者所追捧的香馍馍，对于它，你了解的又有多少？...

今年国自然资助的环状RNA（circRNA）项目出现了飞跃式地增长，真是亮瞎了小编的眼睛。如火如荼的RNA研究世界中，这个冉冉升起的新星是以闭合的环形存在细胞中，结构上就这么与众不同，研究方法会不会有不同呢？答案是肯定有不同，那我们一起了解下circRNA，来看看circRNA能从哪些点切入。

小Q：circRNA可分为哪些不同的类型？是否也具有不同功能？

小A：根据circRNA的来源不同，可以将circRNA分为三类：Cirexon：exon ，由外显子成环而来；EIciRNA: exon-intron，外显子携带侧翼序列成环；lariat RNA：intron，由内含子成环而来。目前发现很多Cirexon在胞质中起到竞争性内源RNA（ceRNA）的作用，lariat RNA 能够启动母基因转录，EIciRNA能够与小核糖体结合形成复合体进一步与pol II结合发挥功能。这是目前的研究发现，是不是circRNA的功能只局限于此呢？这还需要我们的科研工作者进一步地开展更多的工作呢。

小Q：听说circRNA也可以用芯片检测？

小A：是的。前面小编给大家专门介绍了，我们再来复习一下吧。SBC human ceRNA 芯片同时覆盖circRNA、lncRNA、mRNA，我们知道环状RNA是非编码RNA，主要起到调控作用，在进行研究时无论如何都要落实到行使功能的mRNA上，这样一款芯片可以让我们的环状RNA研究事半功倍。

小Q：circRNA芯片探针怎么设计的，怎么和线性RNA进行区分？

小A：目前市场上能很好地去检测circRNA的芯片不多，比较好的像SBC human ceRNA V1.0，能同时在一张芯片上检测circRNA, lncRNA和mRNA。因此，在探针设计时，为了特异性的将circRNA和线性分子区分开来，特异性地设计了完全覆盖环状RNA反向剪接位点的探针，并与线性分子检测探针进行区分,探针长度为60 nt。

小Q：circRNA研究有哪些运用方向？

小A：circRNA研究可分为biomarker研究和分子机制研究两个不同的方向。由于circRNA 稳定表达、不易降解、具有组织特异性、疾病特异性等特点，且血液中已经发现丰富的表达，使得circRNA 成为理想的Biomarker。已有研究发现，circRNA可具有miRNA海绵吸附作用调控下游靶基因表达；调控母基因转录等生物学功能，其基本研究的思路在很大程度上与lncRNA类似。

小Q：筛选到差异的circRNA后，怎么进行功能分析？

小A：由于已知功能的circRNA很少，根据已有对circRNA的功能研究，可以从以下两个方向入手：（1）分析同源母基因的生物学功能，间接推测circRNA的功能，由于circRNA和同源线性mRNA之间来源相同，彼此之间存在着竞争性平衡关系。因此，很多circRNA调控母基因mRNA的表达，进而影响下游生物学功能；

（2）MRE（miRNA response element）分析，通过分析circRNA可能结合的miRNA，从ceRNA角度理解circRNA功能。ceRNA是目前circRNA机制研究的热点，circRNA可以作为miRNA的“sponge”。ceRNA调控机制认为，circRNA可以竞争性结合miRNA，降低miRNA对其靶基因的抑制作用。已有的研究和报道也确认发现，circRNA存在多个miRNA的互补结合位点，可以吸附miRNA，减少了miRNA对靶基因的负调控作用，如CDR1as，circHIPK3。