手把手教你使用Genome数据库

基因组denovo是一个物种研究的真正开始。那么，一个物种有没有被测序？有没有发表文章？基因组序列在哪里？如何查找近缘物种的基因组序列？今天小编就教大家如何使用Genome数据库查找基因组信息。...

Genome数据库查找首先，打开NCBI数据库，选择Genome，然后选择Browse by Organism（图1红色箭头）。链接地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/。打开链接之后是Genome数据库的搜索界面（图2），所有测过序的真核生物、原核生物、病毒、质粒、细胞器的基因组数据可以在这里搜索到。在搜索框里，输入物种的拉丁名，可以查找这个物种基因组的相关数据。

在这里，我们以真菌Nectria haematococca为例，介绍一下这个数据库的使用方法。

首先在搜索框里输入拉丁名，如图3所示会出现以下选择输入选项：由于该物种有多个菌株、变种被测序，我们选择Nectria haematococca（taxid：140110）为例，搜索结果如图4：搜索结果中，我们可以看到物种名、界、类别（真菌、动物、植物）、亚类（子囊菌、担子菌、其它）、基因组大小、染色体数、组装版本等信息。点击物种名，可以查看该物种更详细的信息(图5)。

这个页面包括了本物种基因组de novo的详细信息，如摘要、发表文章情况/链接、基因组组装和注释信息及数据链接。其中摘要部分包括多个序列下载链接：基因组组装版本及序列、原始数据、注释数据等，点击相应的链接即可下载。

在页面的右面，有几个该物种的具体信息链接：包括Assembly、BioProject、Components、PubMed、Taxonomy(图6)。 

查找某一类所有物种基因组信息

如何查找某一个分类所有物种的测序信息呢？下面以子囊菌为例，简单介绍一下。

打开Genome的Browse by Organism界面，在搜索框下面有很多选择菜单，选择真核生物。如图7：

在Group和SubGroup分别选择fungi、Ascomycetes，会得到所有进行了de novo的子囊菌信息。比搜索单个物种得到的条目更加详细，可以直接看到所有物种的基本信息及组装信息。每个条目还可以根据升序和降序进行排列筛选。

数据下载

1.查找到某个特定物种的基因组信息，在Assembly链接中，有几个下载链接，点击即可下载(图8红色箭头)。2.查找某一类所有物种基因组信息，显示页面的右侧，有一个FTP（图9），点击链接即可下载作者上传的组装数据、注释信息等(图10)。

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