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1952年全国高等学校院系调整，圣约翰大学医学院、震旦大学医学院、同德医学院三校合并，成立上海第二医学院，自此进入二医时代。

1985年更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。

2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。

坚决贯彻“人才强院”的主战略，现有教职医务员工25255名，专任教师640名，在职高级职称2632人，博导669人、硕导1173人。中国科学院院士2人，中国工程院院士13人。2010年，王振义院士荣获国家最高科学技术奖。

紧紧围绕国家“双一流”的战略决策，以2个高峰学科（即：临床医学、口腔医学）、6个高原学科（即：基础医学、药学、生物学、公共卫生与预防医学、医学技术、护理）的建设带动新一轮学科布局优化。

在ESI全球医学学科排名中，医学院共有6个学科跻身全球研究机构前1%，其中临床医学学科跻身全球研究机构前1‰。根据教育部学位与研究生教育发展中心2013年公布的学科评估结果，我院临床医学全国排名第一、口腔医学排名第二、基础医学排名第三、护理学排名第五、公共卫生与预防医学排名第十，学科综合实力稳居全国前列。

获得国家级科技成果奖70项，其中国家最高科学技术奖1项，国家自然科学奖6项，国家技术发明奖10项，国家科技进步奖53项。国家自然科学基金项目数，连续六年稳居全国第一，医学学科论文数第五次位列全国第一。

（数据统计截止至2015年12月31日）

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