诺禾致源转录组测序再添新作！

来自大西北的转录调控研究成果！文献两连发！...



今天是六一国际儿童节，诺禾致源祝全国的小朋友节日快乐哟！虽说很多人已到了要给自己的孩子过儿童节的年龄了，但这并不妨碍我们有一颗偶尔会悸动一下的童心！

尽管如此，成年人果然还是要抓紧宝贵时间给自己充电，才符合自己的年龄和气质。还是让我们一起来读文献吧……

导读

自诺禾致源成立以来，服务范围越来越广，在神州大地各地的高校和科研院所中，都有我们可敬的客户。有我们的客户，就会有我们客户发表的文献。目前，诺禾致源转录调控相关文献已超过110篇，累计影响因子总数也超过454.817。而就在近日，诺禾致源在我国西北地区的2位客户，又接连刊发与转录调控相关的文献，可喜可贺！

下面就带大家看一下这两篇文章是如何将转录组测序技术应用在自己的科研中并且最终是如何进行文章的写作的！Come and check it out！充电开始……

发表单位：石河子大学 牛建新教授课题组

发表期刊：BMC Genomics

影响因子：3.986

发表时间：2016年2月

本研究选取了库尔勒香梨初花期、盛花期、落花期的宿萼花朵和落萼花朵（将不同发育时期的花按照花萼类型进行混合，混合为2 组，分别为落萼组 SC_hua 和宿萼组 TL_hua，每组三个生物学重复）做无参转录组测序。将初花期、盛花期、落花期的萼片和子房组织按照花萼类型进行混合，混合为4 组；分别为落萼萼片组织（SC_ep）、宿萼子房组织（SC_ zf）、落萼萼片组织（TL_ep）、落萼子房组织（TL_zf），做 DGE 测序。

通过对测序结果进行数据过滤、转录本拼接、功能注释、差异基因筛选、差异基因功能富集、蛋白互作网络分析、qPCR 验证，在库尔勒香梨宿萼和落萼的花朵、子房和萼片组织中，共鉴定出50多个差异表达基因，这些差异基因与细胞壁降解、植物激素代谢、应激反应、锌指蛋白、脂质转运蛋白相关。对差异基因进行功能和代谢通路富集分析发现花萼脱落主要与细胞壁降解和激素代谢调节有关。

发表单位： 兰州兽医研究所&中国农业大学

发表期刊：Frontiers in Microbiology

影响因子：3.989

发表时间：2016年5月

弓形虫是一种寄生虫，猪吃进弓形虫后，发生感染，在动物体内的组织内发育成包囊，感染宿主，会引起猪等哺乳动物进行免疫应答反应。本研究选取猪肾脏细胞系 PK-15，取弓形虫侵染后1、3、6、9、12、18、24h后的 PK-15 细胞作为实验组，未侵染的弓形虫的 PK-15 细胞为对照组。

对弓形虫侵染后的 PK-15 细胞中的 SNP 和可变剪切事件进行分析，发现随着时间的推移，SNP 比例显著升高，而可变剪切的变化并不明显。通过分析侵染和未侵染弓形虫的 PK-15 细胞的差异表达情况，发现弓形虫在侵染后 1h 时弓形虫中差异表达基因数量最多，而宿主 PK-15 细胞在侵染后 6h 差异表达基因数量达到最高。对宿主被侵染不同时期的差异基因进行 GO 富集分析发现，上调表达基因在 T1/T0 中的占比高于 T6/T0，大部分的差异基因主要富集在催化活性和分子结合等功能上。

参考文献

[1] PeiM, Niu J, Li C, et al. Identification and expression analysis of genes relatedto calyx persistence in Korla fragrant pear[J]. Bmc Genomics, 2016, 17(1):1-19.

[2] Zhou C H,Elsheikha H M, Zhou D H, et al. Dual Identification and Analysis of Differentially Expressed Transcriptsof Porcine PK-15 Cells and Toxoplasma gondii during invitro Infection[J]. Frontiers in Microbiology,2016, 7:721.

安晓英（转录调控事业部）丨文案

杜楷丨编辑

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