高通量检测序列

情人节礼物二——国自然申请与lncRNA

国自然申请，当然要跟着热点走，试问当今的当今网红是谁？lncRNA非你莫属。...

礼物二：国自然申请：lncRNA常用研究策略

当前的转录组研究领域，国自然的当家网红是谁呢？相信大家心里都有数了，肯定是长链非编码RNA（lncRNA）。在国自然已中基金里，lncRNA到底有多火呢？

近三年，国自然资助的项目从不到100到16年的接近300，火热程度可见一斑。因此，如果想在国自然申请中占得先机，一定记得把这个当家网红记在心里。

So，怎么来把国自然与lncRNA研究联系起来呢？如果您还记得前面circRNA与国自然的那篇，那就先把里面的核心拿出来，肯定是可以用在这里的。那么，还有什么能跟大家分享的呢？下面一张图，小编把最常见的lncRNA研究思路给大家列出来了：

可以看到，lncRNA的研究套路也是万变不离其宗，但是在功能研究机制上有其特点（详见下回分解）。对于整个研究来说，最开始，也是最重要的一步就是通过高通量检测手段，来筛选核心的差异lncRNA。那么，有这些高通量检测手段值得推荐呢？

01

高通量芯片检测平台——SBC lncRNA array V6.0(human/mouse/Rat)：利用Agilent公司专利的SurePrint技术开发，可同时检测77,127条lncRNA（human）与18,854 条mRNA（human）。芯片特点：

(a) 最新最全的数据库覆盖；

(b) 探针设计基于最新版本基因组（human/GRCh38(hg38)，涵盖GENCODE V21、Ensembl 、UCSC、NONCODE、LNCipedia、lncRNAdb等核心lncRNA数据库；

(c) 生物信息专家对来自上述数据库的全部lncRNA序列进行序列比对，去冗余，并对精简后的lncRNA序列设计特异探针，尤其对于有部分重叠序列的lncRNA与mRNA 进行了很好的处理。

从V1.0到V6.0版本，SBC lncRNA array已纵横科研领域多年，获得了广大客户的认可和青睐，绝对是一个高通量筛选的好工具。

02

高通量测序检测平台——SBC自2009年起先后建立了Roche GS FLX第二代测序服务平台，ABI SOLiD4第二代测序服务平台和Illumina Hiseq 2500 V4（2台）第二代测序服务平台，拥有ABI SOLiD5500（2台）、ABI SOLiD4（2台）、Illumina GAIIx 2000（1台）和Roche GS FLX（1台），从而迅速成长为华东地区最大的新一代测序中心。通过链特异性转录文库构建，二代测序可同时对lncRNA和mRNA进行全转录组检测，并对已知lncRNA进行注释和潜在新发现lncRNA挖掘。因此，二代测序也是不错的选择。