一个快速筛选表格的工具

 

工具,我们只推最好用的!...



上一期我们分享了如何利用OmicShareTools在线工具网站来画韦恩图,得出两组差异基因的交集(戳这里查看~)。但是,光有基因ID可不够啊,我还想要这些交集基因的表达量、log2FC、功能注释等信息呀。肿么办?



相信很多人都会首先想到下面两种办法:

  1. excel查找,逐行复制粘贴到新表格不足:如果是几百几千个基因呢?狗带算了……
  2. perl编写脚本不足:不懂perl的怎么办?



有没有又快捷、又适合编程小白的方法呢?——当然有!还记得上期介绍的OmicShareTools在线工具网站吗?这个工具网站功能强大,软件多多,建议大家碰到什么问题都可以先上去看看有没有合适的工具哈!

OmicShareTools在线工具网站提供了“表格筛选”工具,可以从源表格中筛选出所关注样品的信息。下面来看看如何操作:
01
选择“表格筛选”工具


找到“表格筛选”工具,点击进入。



工具界面如下:

02
输入数据


这里要输入两个数据:一是源表格,二是提取清单。

在这个例子中,源表格就是所有基因表达量总表;提取的名称清单,就是我们上次做维恩图分析出来的交集基因。要得到两组差异基因的名单,直接返回韦恩图“结果预览”,点击维恩图交集部分,相应的基因ID就全列出来了,复制粘贴就OK了。嘎嘎~

有木有想到自己要整理出提取名称清单,正在忧伤的同学?快别~小师妹在这里分享一个小技巧:

我们可以借助文本编辑器Notepad++进行整理!将这些基因ID复制粘贴到一个新建的Notepad++文件里,然后利用“替换”功能,将“,”全部替换为“
”(换行符),注意勾选“查找模式”为“扩展”,就OK啦!

03
任务提交
输入文件搞定后,记得勾选一下表格有没有表头,并填写“对第几列进行筛选”。点击“开始筛选”,任务就提交了。

04
 查看结果


任务运行完成后,到“我的任务”查看。



可以点击“文件预览”或“下载文件”,筛选结果如下:



95个交集基因的所有信息就出来啦,是不是很快速~~简直就是你科研的好助手啊!

本期的分享就到这里,如果大家使用过程中出错,请先再三检查一下输入文件(很多时候是因为文件格式不对)。我们下期会分享一个热图教程, 想用OSTools做科研的朋友记得跟踪这个栏目哟!





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