吃什么，能帮治IBD？怎么吃，能预防乳腺癌？

本期话题：饮食，IBD，乳腺癌，大众参与，关键分类，腐胺...

Gut：应对IBD的关键——饮食（必读综述）

Gut[IF:17.016]

① 近3年来，关于炎症性肠病（IBD）的发生机制有激动人心的进展，特别是明确了在遗传之外，环境尤其是因饮食而改变的肠道菌群至关重要；② 在针对克罗恩病人的治疗中，肠外营养被证明可缓解症状，施行4周以上，可减少外科手术介入；③ 基于肠外营养方案剔除特定成分的饮食、特定天然食品都可缓解病情，并作为生物或组合疗法失效后的挽救治疗；④ 对病人进行饮食教育值得推崇，虽然还在起步阶段，但利用饮食治疗IBD的方法应该会在临床带来获益。

Evolving role of diet in the pathogenesis and treatment of inflammatory bowel diseases

05-18 DOI: 10.1136/gutjnl-2017-315866

多吃蔬菜水果，或可降低乳腺癌风险

International Journal of Cancer[IF:7.36]

① 两个队列共182145名女性，随访起始年龄27-59岁，中位随访时间23.7年，共发生10911例浸润性乳腺癌；② 较高的总果蔬摄入量与较低的乳腺癌风险显著相关，尤其是十字花科和黄色/橙色蔬菜；③ 蔬菜摄入与较低的雌激素受体阴性肿瘤风险相关；④ 对不同分子亚型的肿瘤而言，较高的总果蔬摄入量与较低的HER2阳性肿瘤、基底样瘤和管腔A型肿瘤强相关；⑤ 多吃蔬菜水果，尤其是十字花科和黄色/橙色蔬菜，可能减少乳腺癌（特别是侵袭性肿瘤）风险。

Fruit and vegetable consumption and breast cancer incidence: Repeated measures over 30 years of follow-up

07-06 DOI: 10.1002/ijc.31653

EMBO Reports：发动公众一起参与研究厨房里的菌群

EMBO Reports[IF:8.749]

① American Gut等组织公众参与的众筹型研究项目备受关注，大众得以和科学家一起解决科学问题；② 类似的，在英国牛津的一个社区，科学家组织公众参与关注厨房菌群的研究；③ 研究主要目的：厨房里有什么微生物，清洁带来的变化，微生物如何占领一块新砧板，冰箱里的微生物；④ 可选研究点：宠物微生物会出现在哪，圣诞树会带来什么，有机和传统蔬菜有什么区别，日常和假期会有什么区别；⑤ 研究已取得初步成果并发布，方法和技术也在持续优化中。

The microbiome and its publics: A participatory approach for engaging publics with the microbiome and its implications for health and hygiene

05-18 DOI: 10.15252/embr.201845786

Nature Reviews：迄今为止，已有200+关键菌群分类被鉴定！

Nature Reviews Microbiology[IF:31.851]

① 菌群的物种组成极为复杂，但科学家在土壤、植物、海洋和人体共生菌群中鉴定出超过200个关键分类，它们对菌群结构和功能起到驱动作用；② 利用生态网络分析方法可以鉴定出这些关键分类，联合高平均度、高接近中心度和低中介中心度鉴定等方法，准确率可达85%；；③ 基于统计的方法存有局限性，尤其需要注意相关性不意味着一定具有因果关系，对此应谨慎解读；④ 结构方程模型等方法可突破相关性，在关键分类和菌群组成或功能之间探索因果关系。

Keystone taxa as drivers of microbiome structure and functioning

05-22 DOI: 10.1038/s41579-018-0024-1

Science子刊：肠道细菌如何合作生成腐胺

Science advances[IF:11.511]

① 之前的研究发现，摄入精氨酸及益生菌（双歧杆菌属）后，结肠内腔中的腐胺丰度显著增加；② 鉴定出一条新的腐胺生成通路，在环境酸化的条件下，由精氨酸经中间产物胍基丁胺最后生成腐胺；③ 双歧杆菌属为代表的产酸细菌可将环境酸化，而合成腐胺的通路需要两群细菌的参与；④ 耐酸性大肠杆菌可将精氨酸转化为胍基丁胺，粪肠球菌为代表的具有胍基丁胺脱亚氨酶系统的细菌将胍基丁胺转化为腐胺。

Bioactive polyamine production by a novel hybrid system comprising multiple indigenous gut bacterial strategies

06-27 DOI: 10.1126/sciadv.aat0062

核辐射之果：切尔诺贝利田鼠的肠道菌群变化

ISME Journal[IF:9.52]

① 分析乌克兰切尔诺贝利辐射污染和非污染区以及基辅（非污染区）中堤岸田鼠的肠道菌群；② 环境放射性核素水平上升不影响肠道菌群丰富度，但污染区的厚壁菌门:拟杆菌门比值比非污染区升高近1倍；③ 两处非污染区的田鼠肠道菌群组成相似，可基于区域辐射水平高低对菌群组成进行区分，准确性>90%；④ 辐射区田鼠的菌群功能改变，以碳水化合物的降解、同化和转运、外源物质生物降解和DNA损伤通路为特征；⑤ 环境辐射可显著改变动物的肠道菌群。

Environmental radiation alters the gut microbiome of the bank vole Myodes glareolus

07-09 DOI: 10.1038/s41396-018-0214-x

Cell：线粒体自噬力助杀伤大肠癌细胞的机制

Cell[IF:31.398]

① 在两种wnt/β-连环蛋白依赖性肠道肿瘤模型中，采用让Stat3功能缺失的方法，揭示适应性免疫应答新机制；② 肠道上皮细胞（IEC）内线粒体自噬升高，导致上皮溶酶体内铁离子（II）聚集，驱动溶酶体膜通透性增加（LMP）；③ 向胞浆内释放蛋白酶，促进MHC I类分子的提呈，通过使树突状细胞“易装”，激活CD8+T细胞；④ 线粒体功能、溶酶体完整性与IEC内MHC I类分子提呈联系，驱动线粒体自噬或诱导IEC内的LMP，可转换结直肠癌内的抗肿瘤免疫平衡。

Mitophagy in Intestinal Epithelial Cells Triggers Adaptive Immunity during Tumorigenesis

06-14 DOI: 10.1016/j.cell.2018.05.028

重庆畜牧科学院葛良鹏团队：无菌乳猪的基因表达谱变化

Scientific Reports[IF:4.122]

① 选取4只雄性无菌乳猪及4只同窝正常乳猪，对5种组织（口腔粘膜、空肠、结肠、肝脏、脾脏）的RNA进行测序，分析基因表达谱；② 共鉴定出14个基因在无菌乳猪及正常乳猪中存在表达差异，均在无菌乳猪中下调，其中7种是干扰素诱导表达的基因；③ 与其它组织相比，结肠中的转录因子表达受到菌群的影响最大；④ 免疫相关基因在无菌乳猪中的表达下调，发育相关基因也受到影响，提示肠道菌群影响肠道之外的基因表达。

Gene expression profiles of germ-free and conventional piglets from the same litter

07-16 DOI: 10.1038/s41598-018-29093-3