Iso-Seq & RNA-Seq“沙李配”,转录组研究“新班子”
二三代转录组测序手段相结合,精确定量异构体...
转录组研究作为功能研究常用方法,能够全面快速地获取某一物种特定器官/组织在某一状态下的转录本信息,分析转录本结构和功能,在不同领域中广泛运用。目前获得转录组信息的常规方法主要是借助不同测序技术手段:基于PacBio单分子实时测序的Iso-Seq,以及Illumina平台的短读长的RNA-Seq,两者各有优势。
Iso-Seq因其读长长,可直接覆盖一个完整转录本的全长序列,无需组装,在全面鉴定可变剪接事件和转录本重构上优势明显,通过结合RNA-Seq数据可以对可变剪接产生的异构体进行精确定量,鉴别差异表达异构体。
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[1]Wang B, Tseng E, Regulski M, et al. Unveiling the complexity of the maize transcriptomeby single-molecule long-read sequencing[J]. Nature communications, 2016, 7.参考文献
[2]Ning G, Cheng X, Luo P, et al. Hybrid sequencing and map finding (HySeMaFi):optional strategies for extensively deciphering gene splicing and expression inorganisms without reference genome[J]. Scientific Reports, 2017, 7.
文案:李赟 周红梅
审核:刘雷
编辑:张芳芳
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