Nanopore测序可得1Mb的超长读长?!
Are you ready?...
依据当前高通量测序技术发展,虽说现在仅花费几小时就可以组装出细菌基因组的完成图,但是你是否打开脑洞的想过,我们是否可以不组装,只需要1条read就可得到细菌基因组的全部信息?现在,Nanopore纳米孔测序的超长读长给了脑洞成为现实的可能。
优化流程
- 对过夜培养的E. coli K-12 MG1655 经Sambrook protocol提取,得到高分子量DNA(>60Kb),OD260/OD280 =2.0
- 通过前期测试经验,将建库起始量调整至20ug
下机数据
最后下机总数据量为5,014,576,373bp,共150,604 条read,read N50为63,747bp,平均read长度为33,296bp。其中,前面最长的10条read分别为1,113,805bp, 916,705bp, 790,987bp, 778,219bp, 771,232bp, 671,130bp, 646,480bp, 629,747bp, 614,903bp, 603,565bp。Figure 1 E. coli K-12 MG1655下机数据读长分布
数据比对
经GraphMap工具将数据集比对到参考基因组,其中95.46%的序列可比对到参考基因组上,平均比对读长高达34.7Kb。前面最长的10条比对读长分别为778,217bp, 771,227bp,671,129bp,646,399bp,603,564 bp,559,415bp,553,029bp,494,330bp,487,836bp,470,664bp,从理论上来说,7条最长的reads就可对4.6Mb大肠杆菌基因组进行覆盖。
Figure 2 E. coli K-12 MG1655数据比对后读长分布
Nanopore测序技术中无PCR,无DNA合成,最终得到read长度很大一部分取决于文库模板DNA长度和质量,因此对DNA总量、纯度、完整性要求严格。
未来组实验团队拥有数百个不同物种类型的三代项目提取经验,对于Nanopore测序也已开发了标准的提取建库上机流程,对Nanopore送样要求有疑问的客户可咨询您的科技顾问或点击“阅读原文”提交,未来组愿协助您开启Nanopore测序之旅。
参考文献
Loman, N. J. Thar she blows! Ultra long read method for nanoporesequencing accessed 2017-05-08.
相关阅读:
看Nanopore超长读长如何为高质量基因组组装添砖加瓦
未来已来,Oxford Nanopore全球最大测序中心落户中国
Nanopore测序技术已进军Gb级别的番茄基因组领域,你还等什么?
欢迎来到Oxford Nanopore测序技术新世界
中国市场喜迎牛津纳米孔技术
文案:周红梅
编辑:张芳芳
图片来源于网络|侵删
想了解三代测序技术?想解决困惑许久的难题?想跟各个大牛们谈情说“事”?来这里,一个最纯的技术交流区!武汉未来组生物科技有限公司(Nextomics Biosciences)成立于2011年8月8日,总部位于武汉光谷生物城,目前在北京生命科学园和美国纽约设立有分支机构,是世界领先三代测序基因组中心。
未来组通过三代测序生物信息学工具和流程的开发,解决了复杂基因组组装、微生物完成图组装、全长转录组分析、人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈,推动了基因组学研究的升级换代,目前已经完成数百个三代测序科研项目,发表了多篇三代测序的科学文献。因为专注于三代测序技术开发和应用推广,未来组已成为三代测序技术应用的第一品牌。
关注 Nextomics
微信扫一扫关注公众号