【NG】垂枝桦基因组图谱构建及重测序分析

三代PacBio测序让参考基因组更连续更完整！...

垂枝桦（Betula pendula）是一种速生乔木，能在短短一年时间内开花，木质坚实，可做细工、家具等，经济价值极高。近日，芬兰研究人员对垂枝桦自交系个体进行全基因组测序，并对80个来自不同地理范围的桦树个体进行群体重测序，为林木基因组学研究和遗传改良工作提供了研究资源，从而利于生态环境的持续优化。

PacBio数据的加入，有效地对基因组初装版本进行了补洞，并在进一步Scaffolding提供高连续性序列，基因组覆盖率达到98.9%(435Mb/440Mb)，经遗传图谱信息将基因组构建到染色体级别。同时，基因组组装指标也有了显著提升：Contig N50从7,972bp上升到48.2Kb，Scaffold N50从214.7Kb，提高到528Kb，获得了435Mb的参考基因组。

基于垂枝桦参考基因组信息，研究分析了基因组对环境适应性的改变。进一步，对80个来自不同地理范围的桦树个体进行重测序群体分析，筛选环境适应性相关的候选基因，探索垂枝桦基因组的进化适应历程和人工选择活动。

作为林木研究的模式物种，垂枝桦基因组基因组相对简单，但大部分林木基因组比较复杂，在对复杂的或遗传信息较少的林木基因组测序时，组学君推荐 PacBio SMRT测序技术，基于长读长优势构建高质量参考基因组，为解决后续重要功能基因挖掘和进化研究提供研究基础。

未来组作为世界领先三代测序基因组中心，已于2016年搭建了 Sequel、BioNano及Hi-C等技术平台。借助平台的搭建，未来组将会为更多合作伙伴提供专业优质的服务。

参考文献

Salojärvi J, Smolander O-P, Nieminen K,et al. Genome sequencing and population genomic analyses provide insights intothe adaptive landscape of silver birch [J]. Nature genetics, 2017.

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文案：李赟

审核：周红梅

编辑：张芳芳

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武汉未来组生物科技有限公司（Nextomics Biosciences）成立于2011年8月8日，总部位于武汉光谷生物城，目前在北京生命科学园和美国纽约设立有分支机构，是世界领先三代测序基因组中心。

武汉未来组通过三代测序生物信息学工具和流程的开发，解决了复杂基因组组装、微生物完成图组装、全长转录组分析、人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈，推动了基因组学研究的升级换代，目前已经完成数百个三代测序科研项目，发表了多篇三代测序的科学文献。因为专注于三代测序技术开发和应用推广，武汉未来组已经成为世界三代测序技术应用的第一品牌。

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