【解螺旋】OMG!NCBI竟然能批量下载基因序列!
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小师妹一脸苦闷:酵母双杂交的测序结果回来了,唉,这个周末又不能好好休息,要查200多个基因序列,周一老板就要,查这么多基因序列,一个一个的查,我会吐血的。
小师弟眼神迷离:你比我幸运,我不只吐血,还伤身啊,我的基因芯片结果终于出来了,可是要分析1000多个基因,还要设计引物,我是一个星期都不用休息了,什么叫悲惨的世界,这就是。
大师兄悠悠飘过:你们俩是猪吗?竟然不知道怎么批量获取基因序列?一脸鄙视,然后开始了他不屑的指导,其实只需要4大步就能轻松搞定:
第一步:整理排列好基因登入号,NCBI检索nucleotide
第二步:调整展示界面Display Settings
第三步:选择文件发送内容Send
第四步:合适的打开方式DNAstar软件(翠花最常用,各有所好)
还不懂吧,来,师兄给你们演示下:
第一步:每个基因都有它的Accession number(基因登入号,好比身份证一样),这个你们已经拿到手了吧,首先登入NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,在All Databases处下拉,选择nucleotide,将基因的Accession number都排列在一起,用空格隔开,不要有回车符(怎么快速排列就不多说了,excel就能实现),例如:NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678 NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295:
你想要多少基因的序列都可以,只要一开始把基因登入号摆在一起就可以啦,就可以轻轻松松一次批量下载大量的基因序列,学会这个技巧是不是要好好庆祝一下,毕竟需要几天的工作,在几分钟就完成了。(其实平时只需要几个基因序列这么用也是超级方便的,毕竟打开NCBI的速度真的不敢恭维,一步到位才是王道)
可是获得了这么多序列可以做什么呢,这个就看你的目的了,分析酶切位点、设计引物、比对序列、构建多表达克隆、设计敲减靶点等等都可以啊!
如果大家对DNAstar软件有兴趣,可以找解螺旋微信助手(微信号:helixlife0)免费索取哦。
另外,居于NCBI强大的后台数据功能,还可以批量分析酶切位点和序列,批量下载基因的编号序列(CDS)等等,这里就不一一介绍了,如果也想学,请给予投票哦!
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