提纯你的DNA样本,很急、很关键!

 

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在分子生物学实验中,提纯DNA样本是十分常见的步骤。纯净无杂质的DNA有助于下一步或几步实验的发生和成功。有时候DNA是直接从细胞提取出来的、有的时候要用到从PCR反应中来的DNA、或是在酶切反应后来的DNA;那么就有可能携带细胞裂解时的碎片、残留的蛋白质、或是残留的盐溶液。这些物质有可能影响到下一步的反应,所以需要被清除掉以获得纯净的DNA。小编在这里介绍四种提纯DNA的方法供大家讨论。

1苯酚-氯仿抽提法

苯酚和氯仿是常见的有机溶剂,一般可以用来将蛋白杂质从DNA样本里去除。基本原理是,有机溶剂会使杂质蛋白变性,并将杂质蛋白留在有机溶剂层,而DNA分子是有水溶性的,所以会进入水溶液层1。这样DNA和杂质蛋白就被分开了。这个方法的好处是便宜有效,但苯酚和氯仿是有毒溶剂,而且有可能会残留在提纯过后的DNA样本中,对后续反应造成影响。

2乙醇沉降法

基本步骤如下图所示:



乙醇沉降法其实就是一种盐析方法。盐阳离子(一般是Na+、醋酸钠盐)和70%的乙醇加入到DNA样本中后,阳离子与带负电的DNA骨架相互作用,从水分子那里将DNA抢夺出来,而乙醇改变了DNA的结构,使得DNA聚合最终沉降2。这个方法的好处也是便宜有效,但十分费时,而且乙醇也有可能被带入下一步反应中。

3硅胶柱吸附法

最常见的就是市面上各种PCR purification kit、mini-prep kit和gel extraction kit。只有被离液盐扰乱了氢键的DNA分子可以被吸附在硅胶模上,最后可以被低盐溶液析出。这个方法的优势就是快速高效,可以一次处理大量不同的DNA样本。不足之处就是成本略高。关于硅胶柱的详细信息,请看BioEngX的历史文章“有了QIAGEN三大哥,再也不怕DNA提取啦”。

4磁珠吸附法

这个方法的主要原理是,在携带正电的磁珠和DNA分子特定结合后,磁珠被固定在磁极上,DNA样本中的其他杂质在此时被移除,而后使用高pH的洗出液使得磁珠带负电,因此DNA分子又会脱离磁珠,被洗出。Thermo Fisher公司出的ChargeSwitch 就是用磁珠吸附法来提纯DNA的。

DNA提纯的方法肯定不止这四种,小编只是罗列了四种常见的、常用的。有什么好的高效的DNA提纯法,记得来信讨论哦!

文献引用:

1. Kirby, K. S. (1957). A new method for the isolation of deoxyribonucleic acids: evidence on the nature of bonds between deoxyribonucleic acid and protein. Biochemical Journal, 66(3), 495.

2. Eickbush, T. H., & Moudrianakis, E. N. (1978). The compaction of DNA helices into either continuous supercoils or folded-fiber rods and toroids.Cell, 13(2), 295-306.




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